More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2608 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  485  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575966  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.69 
 
 
254 aa  333  2e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.749829  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
253 aa  192  3e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.86 
 
 
252 aa  192  5e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
254 aa  192  6e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.88 
 
 
256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.10898 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.45 
 
 
251 aa  179  4e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
273 aa  179  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.935721  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
250 aa  178  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.75 
 
 
246 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 
252 aa  169  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
260 aa  169  6e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
259 aa  167  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514204 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  40.71 
 
 
261 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
251 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
272 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
251 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  43.25 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
266 aa  162  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
257 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
257 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
261 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
256 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
261 aa  162  7e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
258 aa  161  8.000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
261 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
257 aa  158  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
251 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  41.46 
 
 
253 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0644  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
252 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 
253 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.41 
 
 
262 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
255 aa  155  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271838  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
276 aa  153  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
244 aa  153  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
253 aa  153  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.07 
 
 
272 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
251 aa  152  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
252 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0605764 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
267 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
252 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
252 aa  151  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
265 aa  151  8.999999999999999e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
250 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
253 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
267 aa  150  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
255 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.644863  normal  0.553808 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
281 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
254 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
251 aa  150  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
251 aa  149  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
277 aa  149  4e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
249 aa  149  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
239 aa  149  5e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.19 
 
 
172 aa  149  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000011557  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  40.65 
 
 
253 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
248 aa  148  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000355798  normal  0.0941785 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
250 aa  148  7e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
253 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  40.93 
 
 
269 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  40.98 
 
 
257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7370  short-chain alcohol dehydrogenase  41.73 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5663  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  40.39 
 
 
258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  38.71 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
251 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.51 
 
 
256 aa  146  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
254 aa  146  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
246 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.5 
 
 
247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
268 aa  145  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
257 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4948  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
270 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617034  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.26 
 
 
279 aa  145  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  40.54 
 
 
269 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  40 
 
 
253 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2110  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
252 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
368 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.521735  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
249 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2755  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
259 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1752  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
254 aa  144  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
245 aa  144  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
262 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00696289  normal  0.955731 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
265 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
252 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2281  short chain dehydrogenase  40.24 
 
 
257 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.121478 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>