119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0038 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0038  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 197 aa  372  1e-102  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.698447  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7317  PadR-like family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2527  transcriptional regulator, PadR-like family  33.11 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4528  PadR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 272 aa  71.2  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4957  transcriptional regulator, PadR-like family  36.3 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4200  transcriptional regulator, PadR-like family  37.67 
 
 		 209 aa  67.8  0.00000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3510  transcriptional regulator, PadR-like family  35.25 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9364  transcriptional regulator protein-like protein  36.05 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.401607  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3358  transcriptional regulator, PadR-like family  34.64 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3567  PadR-like family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.979058  normal  0.850546 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7032  transcriptional regulator, PadR-like family  38.78 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5383  transcriptional regulator, PadR-like family  41.9 
 
 		 249 aa  65.1  0.0000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3098  PadR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 187 aa  64.7  0.0000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37830  transcriptional regulator, PadR family  34 
 
 		 227 aa  64.7  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10046  hypothetical protein  39.8 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39320  transcriptional regulator, PadR family  35.71 
 
 		 184 aa  62.4  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.700238 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1163  transcriptional regulator, PadR-like family  29.14 
 
 		 191 aa  62  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984047 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2137  PadR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6039  PadR-like family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.258534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4747  transcriptional regulator PadR family protein  37.76 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0868  PadR-like family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.525718  normal  0.842124 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0346  transcriptional regulator, PadR-like family  30.52 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824785  normal  0.03301 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3702  transcriptional regulator, PadR-like family  32.19 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5073  transcriptional regulator, PadR-like family  32.43 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.189916  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4677  PadR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 203 aa  54.7  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  28.76 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4194  transcriptional regulator, PadR-like family  49.02 
 
 		 199 aa  52  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  35.96 
 
 		 174 aa  52  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 152 aa  52  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  28.97 
 
 		 177 aa  51.6  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4159  transcriptional regulator, PadR-like family  31.03 
 
 		 176 aa  51.6  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1891  PadR family transcriptional regulator  31 
 
 		 134 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.0316492 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5080  PadR-like family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.6626  hitchhiker  0.0000475922 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 109 aa  50.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5920  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4876  transcriptional regulator, PadR-like family  36.94 
 
 		 226 aa  50.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 121 aa  49.7  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 174 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0216  transcriptional regulator, PadR-like family  40.91 
 
 		 109 aa  49.7  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  37.63 
 
 		 116 aa  49.7  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4637  transcriptional regulator, PadR-like family  34.02 
 
 		 183 aa  49.3  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0904166  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 247 aa  48.9  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2526  PadR-like family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 183 aa  48.5  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0713427  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4562  transcriptional regulator PadR family protein  36.36 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.605184  normal  0.596762 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 111 aa  48.1  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5375  PadR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.658005  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5464  PadR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0280313 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5751  PadR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.833226  normal  0.410016 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4436  PadR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 122 aa  47  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  28.85 
 
 		 107 aa  47  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 121 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4418  PadR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 114 aa  46.2  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 184 aa  46.6  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0778  transcriptional regulator, PadR-like family  34.83 
 
 		 115 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 174 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25120  predicted transcriptional regulator  40.78 
 
 		 132 aa  46.2  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 109 aa  45.8  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  24.3 
 
 		 109 aa  45.8  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  34.34 
 
 		 113 aa  45.8  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 188 aa  45.4  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 242 aa  45.4  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4516  PadR-like family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 114 aa  45.4  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  30.34 
 
 		 174 aa  45.4  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2975  PadR-like family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 117 aa  45.1  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.351973  hitchhiker  0.000108839 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 175 aa  44.7  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  32.46 
 
 		 238 aa  45.1  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  34.34 
 
 		 243 aa  45.1  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  26.95 
 
 		 172 aa  45.1  0.0008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4828  30S ribosomal protein S14 homolog-related  27.88 
 
 		 114 aa  44.7  0.0009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29180  predicted transcriptional regulator  35.71 
 
 		 151 aa  44.7  0.0009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2509  PadR-like family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 165 aa  44.3  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0736667  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3181  transcriptional regulator, PadR-like family  26.09 
 
 		 177 aa  44.3  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000117068  hitchhiker  0.000000000506359 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3142  transcriptional regulator, PadR-like family  34.34 
 
 		 121 aa  44.3  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0600315  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4407  transcriptional regulator protein-like protein  29.08 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0291759 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  30.77 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  43.5  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 108 aa  43.9  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3472  PadR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 120 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0715346 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  28.87 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 173 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 106 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  32.2 
 
 		 334 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1141  transcriptional regulator, PadR-like family  35.85 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 119 aa  43.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 113 aa  42.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4285  PadR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 110 aa  43.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 173 aa  42.7  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 173 aa  42.7  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 154 aa  42.7  0.003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2655  hypothetical protein  33.96 
 
 		 165 aa  42.7  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2669  hypothetical protein  24.29 
 
 		 165 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.010535 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  35.96 
 
 		 128 aa  42.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7926  transcriptional regulator, PadR-like family  25.74 
 
 		 178 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  45.83 
 
 		 123 aa  42.7  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0784  transcriptional regulator, PadR-like family  27.89 
 
 		 222 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0098  transcriptional regulator, PadR family  33.33 
 
 		 203 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.846374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  25.97 
 
 		 175 aa  42.4  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 125 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  30.3 
 
 		 190 aa  42.4  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2649  PadR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 207 aa  42  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00573866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>