116 genes were found for organism Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
TM1040_3767  CDS  NC_008042  27  5300  +  5274  hemolysin-type calcium-binding region  YP_611162  normal  0.902425  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3768  CDS  NC_008042  6566  7546  +  981  hypothetical protein  YP_611163  normal  0.689278  normal  0.921006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3769  CDS  NC_008042  7780  8247  +  468  hypothetical protein  YP_611164  normal  0.787585  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3770  CDS  NC_008042  14155  14565  +  411  hypothetical protein  YP_611165  normal  0.0680365  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3771  CDS  NC_008042  15000  16031  -  1032  hypothetical protein  YP_611166  normal  0.0472674  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3772  CDS  NC_008042  16148  17152  -  1005  hypothetical protein  YP_611167  normal  0.0602576  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3773  CDS  NC_008042  17636  19045  +  1410  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_611168  normal  0.200831  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3774  CDS  NC_008042  19119  20249  +  1131  ParB-like nuclease  YP_611169  normal  0.142601  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3775  CDS  NC_008042  20354  21658  -  1305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  YP_611170  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3776  CDS  NC_008042  22480  23481  -  1002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_611171  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3777  CDS  NC_008042  24265  24642  -  378  XRE family transcriptional regulator  YP_611172  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3778  CDS  NC_008042  25175  26596  -  1422  mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GDP)  YP_611173  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3779  CDS  NC_008042  27852  28736  +  885  hypothetical protein  YP_611174  normal  0.694827  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3780  CDS  NC_008042  29156  30001  -  846  hypothetical protein  YP_611175  normal  0.214237  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3781  CDS  NC_008042  30047  30502  -  456  protein-methionine-S-oxide reductase  YP_611176  normal  0.219086  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3782  CDS  NC_008042  30573  31124  -  552  beta-Ig-H3/fasciclin  YP_611177  normal  0.404689  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3783  CDS  NC_008042  31246  31932  -  687  hypothetical protein  YP_611178  normal  0.619325  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3784  CDS  NC_008042  31929  32483  -  555  RNA polymerase sigma factor  YP_611179  normal  0.119115  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3785  CDS  NC_008042  33104  35482  +  2379  hemolysin-type calcium-binding region  YP_611180  normal  0.0346171  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3786  CDS  NC_008042  35844  36596  +  753  hypothetical protein  YP_611181  normal  0.0888614  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3787  CDS  NC_008042  37024  37380  -  357  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  YP_611182  normal  0.133033  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3788  CDS  NC_008042  37746  38255  +  510  hypothetical protein  YP_611183  normal  0.0804091  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3789  CDS  NC_008042  38357  38752  +  396  SNase-like nuclease  YP_611184  normal  0.0300901  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3790    NC_008042  39243  39614  +  372      hitchhiker  0.00364996  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3791  CDS  NC_008042  39882  40088  +  207  hypothetical protein  YP_611185  hitchhiker  0.00043299  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3792  CDS  NC_008042  40650  41243  +  594  hypothetical protein  YP_611186  decreased coverage  0.000356225  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3793  CDS  NC_008042  41230  43440  +  2211  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  YP_611187  decreased coverage  0.00267002  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3794  CDS  NC_008042  43437  45443  +  2007  TRAG protein  YP_611188  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3795  CDS  NC_008042  45670  47667  -  1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_611189  normal  0.15018  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3796  CDS  NC_008042  47907  48452  -  546  hypothetical protein  YP_611190  normal  0.520576  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3797  CDS  NC_008042  49911  51461  +  1551  hypothetical protein  YP_611191  normal  0.134421  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3798  CDS  NC_008042  52027  52281  +  255  hypothetical protein  YP_611192  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3799  CDS  NC_008042  52469  53038  +  570  hypothetical protein  YP_611193  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3800  CDS  NC_008042  53072  54244  +  1173  hypothetical protein  YP_611194  normal  0.945188  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3801  CDS  NC_008042  54278  54745  +  468  hypothetical protein  YP_611195  normal  0.877073  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3802  CDS  NC_008042  54757  55578  +  822  hypothetical protein  YP_611196  normal  0.67495  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3803  CDS  NC_008042  55589  56197  +  609  hypothetical protein  YP_611197  normal  0.9624  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3804  CDS  NC_008042  56206  56622  +  417  hypothetical protein  YP_611198  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3805  CDS  NC_008042  56625  57533  +  909  hypothetical protein  YP_611199  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3806  CDS  NC_008042  57539  58570  +  1032  hypothetical protein  YP_611200  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3807  CDS  NC_008042  58658  59440  +  783  hypothetical protein  YP_611201  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3808  CDS  NC_008042  59718  60518  +  801  LuxR family transcriptional regulator  YP_611202  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3809  CDS  NC_008042  60669  61748  -  1080  TrbL/VirB6 plasmid conjugal transfer protein  YP_611203  normal  1  normal  0.83662  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3810  CDS  NC_008042  61761  62174  -  414  hypothetical protein  YP_611204  normal  1  normal  0.771581  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3811  CDS  NC_008042  62171  62365  -  195  hypothetical protein  YP_611205  normal  1  normal  0.756356  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3812  CDS  NC_008042  62362  63348  -  987  type II secretion system protein E  YP_611206  normal  1  normal  0.38086  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3813  CDS  NC_008042  63353  64732  -  1380  conjugation TrbI-like protein  YP_611207  normal  1  normal  0.387098  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3814  CDS  NC_008042  64729  65424  -  696  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  YP_611208  normal  1  normal  0.204788  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3815  CDS  NC_008042  65427  66080  -  654  VirB8  YP_611209  normal  0.626186  normal  0.202746  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3816  CDS  NC_008042  66097  66906  -  810  hypothetical protein  YP_611210  normal  0.538291  normal  0.123124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3817  CDS  NC_008042  66906  68060  -  1155  lytic transglycosylase, catalytic  YP_611211  normal  0.315131  normal  0.0342532  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3818  CDS  NC_008042  68050  68217  -  168  hypothetical protein  YP_611212  normal  0.538588  normal  0.0262301  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3819  CDS  NC_008042  68214  70589  -  2376  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  YP_611213  normal  0.321786  normal  0.020067  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3820  CDS  NC_008042  70579  70824  -  246  type IV secretory pathway, VirB3-like  YP_611214  normal  0.300234  normal  0.0295906  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3821  CDS  NC_008042  70850  71143  -  294  VIRB2 type IV secretion  YP_611215  normal  0.454971  normal  0.0306094  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3822  CDS  NC_008042  71140  71754  -  615  lytic transglycosylase, catalytic  YP_611216  normal  0.539253  normal  0.0346403  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3823  CDS  NC_008042  71798  72151  -  354  hypothetical protein  YP_611217  normal  0.384447  normal  0.0333069  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3824  CDS  NC_008042  72319  72615  +  297  hypothetical protein  YP_611218  normal  0.196588  normal  0.0660392  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3825  CDS  NC_008042  72863  73168  +  306  hypothetical protein  YP_611219  normal  1  normal  0.0684946  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3826  CDS  NC_008042  73161  73388  +  228  hypothetical protein  YP_611220  normal  1  normal  0.0667821  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3827  CDS  NC_008042  73530  73781  -  252  hypothetical protein  YP_611221  normal  1  normal  0.0667821  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3828  CDS  NC_008042  73771  74475  -  705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_611222  normal  1  normal  0.0765989  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3829  CDS  NC_008042  74574  75452  +  879  LysR family transcriptional regulator  YP_611223  normal  1  normal  0.13066  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3830  CDS  NC_008042  75610  76341  -  732  hypothetical protein  YP_611224  normal  0.110021  normal  0.226423  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3831    NC_008042  76473  76655  -  183      normal  0.0904048  normal  0.20842  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3832  CDS  NC_008042  76954  78234  +  1281  glycosyl transferase, group 1  YP_611225  normal  0.175097  normal  0.13882  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3833  CDS  NC_008042  78296  79729  -  1434  glycosyl transferase, group 1  YP_611226  hitchhiker  0.00330118  normal  0.252696  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3834  CDS  NC_008042  79812  81131  -  1320  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  YP_611227  normal  0.0519478  normal  0.0754142  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3835  CDS  NC_008042  81194  82906  -  1713  Type I secretion system ATPase, PrtD  YP_611228  normal  0.171691  normal  0.0822882  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3836  CDS  NC_008042  83259  83615  +  357  hypothetical protein  YP_611229  normal  0.318271  normal  0.0637146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3837    NC_008042  83805  84044  +  240      normal  0.458251  normal  0.0624338  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3838  CDS  NC_008042  84226  84423  -  198  hypothetical protein  YP_611230  normal  0.552938  normal  0.0614797  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3839  CDS  NC_008042  84443  85978  -  1536  methyltransferase type 11  YP_611231  normal  1  normal  0.0810259  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3840  CDS  NC_008042  86070  89351  -  3282  hemolysin-type calcium-binding region  YP_611232  normal  1  normal  0.0668693  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3841  CDS  NC_008042  89417  89767  +  351  hypothetical protein  YP_611233  normal  1  normal  0.0399967  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3842  CDS  NC_008042  90028  90330  +  303  XRE family transcriptional regulator  YP_611234  normal  1  normal  0.039108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3843  CDS  NC_008042  90406  92100  +  1695  hypothetical protein  YP_611235  normal  1  normal  0.101575  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3844  CDS  NC_008042  92309  93592  -  1284  hypothetical protein  YP_611236  normal  1  normal  0.429225  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3845  CDS  NC_008042  93592  96000  -  2409  glycosyl transferase, group 1  YP_611237  normal  0.880485  normal  0.505849  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3846  CDS  NC_008042  96000  97055  -  1056  methyltransferase type 11  YP_611238  normal  0.0403066  normal  0.436715  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3847  CDS  NC_008042  97529  100117  -  2589  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  YP_611239  normal  0.0267301  normal  0.766221  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3848  CDS  NC_008042  100442  102199  -  1758  ABC transporter related  YP_611240  normal  0.135668  normal  0.677159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3849  CDS  NC_008042  102308  102607  -  300  hypothetical protein  YP_611241  normal  1  normal  0.562367  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3850  CDS  NC_008042  102774  103088  -  315  hypothetical protein  YP_611242  normal  1  normal  0.540932  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3851  CDS  NC_008042  103394  103981  +  588  hypothetical protein  YP_611243  normal  1  normal  0.855967  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3852  CDS  NC_008042  104093  104719  -  627  hypothetical protein  YP_611244  normal  1  normal  0.845872  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3853  CDS  NC_008042  105732  105923  -  192  hypothetical protein  YP_611245  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3854  CDS  NC_008042  106169  107140  -  972  KpsF/GutQ family protein  YP_611246  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3855  CDS  NC_008042  107450  107809  +  360  hypothetical protein  YP_611247  normal  1  normal  0.936414  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3856  CDS  NC_008042  107815  109062  +  1248  RNA polymerase ECF-subfamily sigma factor  YP_611248  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3857  CDS  NC_008042  109117  109884  +  768  hypothetical protein  YP_611249  normal  1  normal  0.999205  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3858  CDS  NC_008042  109942  111195  -  1254  glycosyl transferase, group 1  YP_611250  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3859  CDS  NC_008042  111206  112078  -  873  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  YP_611251  normal  1  normal  1  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3860  CDS  NC_008042  112075  112974  -  900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  YP_611252  normal  1  normal  0.680226  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3861  CDS  NC_008042  112986  114038  -  1053  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  YP_611253  normal  1  normal  0.646368  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3862  CDS  NC_008042  114096  115220  -  1125  acyltransferase 3  YP_611254  normal  1  normal  0.419554  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3863  CDS  NC_008042  115225  115773  -  549  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  YP_611255  normal  1  normal  0.233303  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3864  CDS  NC_008042  116076  116963  -  888  2-keto-3-deoxygluconate kinase  YP_611256  normal  1  normal  0.0735701  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3865  CDS  NC_008042  116963  118360  -  1398  glucuronate isomerase  YP_611257  normal  1  normal  0.159364  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
TM1040_3866  CDS  NC_008042  118357  119772  -  1416  fructuronate reductase  YP_611258  normal  1  normal  0.154848  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>