31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3774 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3774  ParB-like nuclease  100 
 
 		 376 aa  760    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.142601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3856  nuclease  40.81 
 
 		 391 aa  238  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.465439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4243  hypothetical protein  40.85 
 
 		 352 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.444591 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7084  ParB-like nuclease  40.84 
 
 		 371 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.403712  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4083  nuclease  47.75 
 
 		 368 aa  210  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.214085 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1422  ParB-like nuclease  36.89 
 
 		 361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3492  nuclease  36.89 
 
 		 361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0639009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4264  ParB-like nuclease  36.97 
 
 		 321 aa  164  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.373587 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3691  hypothetical protein  42.36 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.759997  normal  0.364785 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3405  ParB-like nuclease  36.74 
 
 		 360 aa  152  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4212  nuclease  41 
 
 		 367 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.789565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7211  RepB partitioning protein/ParB-like protein  39.32 
 
 		 350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4321  hypothetical protein  36.3 
 
 		 350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.185891 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2912  replication protein, putative  37.14 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.595815  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3847  nuclease  31.15 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.298073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0372  ParB-like nuclease  36.36 
 
 		 281 aa  92  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4688  plasmid partitioning protein RepB  32.11 
 
 		 322 aa  47.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6053  plasmid partitioning protein RepB  28.43 
 
 		 326 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1105  replication protein RepB  27.45 
 
 		 328 aa  47.4  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000199163  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7001  replication protein B  32.56 
 
 		 337 aa  47  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3275  parB-like partition protein  29.1 
 
 		 322 aa  47  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  29.3 
 
 		 333 aa  46.6  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4190  parB-like partition protein  33.83 
 
 		 358 aa  46.6  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.33147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5376  plasmid partitioning protein RepB  32.62 
 
 		 349 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224219  normal  0.37065 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0003  hypothetical protein  28.18 
 
 		 335 aa  45.1  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1203  replication protein RepB  26.96 
 
 		 328 aa  44.3  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00462835  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5464  plasmid partitioning protein RepB  28.66 
 
 		 333 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.424565 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6016  plasmid partitioning protein RepB  29.79 
 
 		 331 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0995392  normal  0.26849 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  34.88 
 
 		 312 aa  43.5  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5036  parB-like partition proteins  33.63 
 
 		 321 aa  43.1  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.704003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5001  replication protein B  33.33 
 
 		 360 aa  42.7  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>