50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2912 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2912  replication protein, putative  100 
 
 		 369 aa  733    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.595815  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3847  nuclease  66.58 
 
 		 374 aa  478  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.298073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7211  RepB partitioning protein/ParB-like protein  36.54 
 
 		 350 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4321  hypothetical protein  34.9 
 
 		 350 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.185891 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3774  ParB-like nuclease  37.14 
 
 		 376 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.142601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3691  hypothetical protein  38.64 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.759997  normal  0.364785 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4243  hypothetical protein  32.08 
 
 		 352 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.444591 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3405  ParB-like nuclease  31.53 
 
 		 360 aa  99.4  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_7084  ParB-like nuclease  39.56 
 
 		 371 aa  97.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.403712  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1422  ParB-like nuclease  38.24 
 
 		 361 aa  96.7  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3492  nuclease  38.24 
 
 		 361 aa  96.7  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0639009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4212  nuclease  34.59 
 
 		 367 aa  94.4  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.789565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4083  nuclease  38.2 
 
 		 368 aa  89.7  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.214085 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3856  nuclease  33.19 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.465439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4264  ParB-like nuclease  37.08 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.373587 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0372  ParB-like nuclease  32.23 
 
 		 281 aa  68.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6053  plasmid partitioning protein RepB  29.19 
 
 		 326 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  29.7 
 
 		 312 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4544  parB-like partition proteins  30.25 
 
 		 336 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000207738  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4191  parB-like partition proteins  25.97 
 
 		 347 aa  51.2  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4584  parB-like partition proteins  31.61 
 
 		 335 aa  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4688  plasmid partitioning protein RepB  32.59 
 
 		 322 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23530  parB-like partition protein  36.13 
 
 		 268 aa  48.9  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1719  parB family protein  32.61 
 
 		 417 aa  47.8  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1410  parB-like partition protein  31.88 
 
 		 412 aa  47  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.156859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0272  parB-like partition protein  31.88 
 
 		 412 aa  46.6  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4022  parB-like partition protein  29.68 
 
 		 338 aa  46.2  0.0009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3193  parB-like partition proteins  34.38 
 
 		 597 aa  45.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.101554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7001  replication protein B  29.5 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6500  plasmid partitioning protein RepB  30.71 
 
 		 350 aa  45.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07110  putative ParB-like chromosome partitioning protein  31.33 
 
 		 303 aa  45.4  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.629083  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4090  parB-like partition protein  35.14 
 
 		 333 aa  45.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6163  ParB family protein  46.94 
 
 		 323 aa  43.9  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.670147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1123  parB-like partition protein  39.78 
 
 		 572 aa  44.3  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6062  plasmid partitioning protein ParB  37.31 
 
 		 369 aa  44.3  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37980  chromosome segregation DNA-binding protein  34.88 
 
 		 392 aa  44.3  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0656  parB-like partition protein  38.89 
 
 		 362 aa  44.3  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.235927  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  29.41 
 
 		 333 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0562  parB-like partition protein  33.02 
 
 		 312 aa  43.5  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000115281  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6491  parB-like partition protein  28.73 
 
 		 340 aa  43.5  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.880766 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4468  parB-like partition proteins  41.3 
 
 		 363 aa  43.5  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.99602  hitchhiker  7.6726e-17 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2551  parB-like partition protein  43.94 
 
 		 379 aa  43.5  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00820425  normal  0.388314 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2422  parB-like partition protein  35.87 
 
 		 285 aa  43.5  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568139 
 
 
-
 
NC_008532  STER_2003  ParB-like nuclease domain-containing protein  32.62 
 
 		 255 aa  43.1  0.007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3372  parB-like partition protein  43.75 
 
 		 529 aa  43.1  0.007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.406282  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3690  nuclease  37.14 
 
 		 272 aa  43.1  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2588  ParB family protein  28.83 
 
 		 447 aa  42.7  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5238  parB-like partition protein  44.9 
 
 		 554 aa  42.7  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.139889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1596  parB-like partition protein  44.9 
 
 		 554 aa  42.7  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259007  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3588  parB-like partition protein  34.06 
 
 		 323 aa  42.7  0.01  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>