More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3776 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 333 aa  688    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.67 
 
 		 332 aa  459  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4099  hypothetical protein  60.12 
 
 		 334 aa  408  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.104495 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.4 
 
 		 334 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.59701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.4 
 
 		 334 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3576  UDP-glucuronate 5'-epimerase  56.33 
 
 		 335 aa  373  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 		 341 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.55 
 
 		 350 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.32246 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.89 
 
 		 337 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0894672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4525  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.79 
 
 		 338 aa  358  6e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3569  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.57 
 
 		 334 aa  358  8e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.303688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  53.94 
 
 		 334 aa  358  8e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.15 
 
 		 336 aa  357  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000399652  decreased coverage  0.0000579035 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3979  UDP-glucuronate 5'-epimerase  53.61 
 
 		 335 aa  355  5e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.69 
 
 		 337 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.162103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3886  UDP-glucuronate 5'-epimerase  53.61 
 
 		 335 aa  354  8.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4686  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  54.22 
 
 		 335 aa  353  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.03 
 
 		 335 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.61 
 
 		 335 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2640  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.64 
 
 		 334 aa  351  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.76 
 
 		 335 aa  350  2e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000277993  hitchhiker  0.00000000000000308835 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0764  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.6 
 
 		 332 aa  349  4e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3930  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.12 
 
 		 335 aa  348  5e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.4 
 
 		 336 aa  349  5e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 		 335 aa  349  5e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.12 
 
 		 336 aa  348  8e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.33 
 
 		 335 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.69 
 
 		 336 aa  347  2e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.31 
 
 		 335 aa  346  3e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4469  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.47 
 
 		 335 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  51.96 
 
 		 336 aa  344  1e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.07 
 
 		 336 aa  344  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.07 
 
 		 336 aa  344  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2241  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  51.94 
 
 		 336 aa  343  2e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.61 
 
 		 337 aa  343  2e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.586684 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.37 
 
 		 338 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.61 
 
 		 337 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.550526 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4274  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.87 
 
 		 335 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.76 
 
 		 338 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1467  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  51.2 
 
 		 336 aa  342  8e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.87 
 
 		 335 aa  341  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3924  UDP-glucuronic acid epimerase  52.11 
 
 		 339 aa  340  1e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1835  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.82 
 
 		 335 aa  341  1e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120118 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.91 
 
 		 335 aa  341  1e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.9 
 
 		 335 aa  341  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.27 
 
 		 346 aa  340  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.2 
 
 		 336 aa  339  2.9999999999999998e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2598  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.52 
 
 		 358 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0609  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  51.51 
 
 		 337 aa  339  5e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.51 
 
 		 337 aa  339  5e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.6 
 
 		 336 aa  338  5.9999999999999996e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.96 
 
 		 337 aa  338  7e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.6 
 
 		 335 aa  338  9e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.4 
 
 		 341 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.300865  normal  0.221889 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.12 
 
 		 333 aa  335  7e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  50.75 
 
 		 337 aa  335  9e-91  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  51.83 
 
 		 333 aa  334  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0803132  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.83 
 
 		 341 aa  334  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0237866  hitchhiker  0.0000000224121 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.3 
 
 		 335 aa  334  1e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.34 
 
 		 336 aa  333  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.6 
 
 		 340 aa  333  3e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 		 344 aa  333  3e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.21 
 
 		 335 aa  333  3e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.9 
 
 		 342 aa  332  4e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.194967  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01321  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  49.55 
 
 		 338 aa  332  5e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2638  UDP-glucuronate 5'-epimerase  50 
 
 		 336 aa  331  8e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.3 
 
 		 341 aa  330  2e-89  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0038  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.51 
 
 		 335 aa  330  2e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 		 337 aa  330  3e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.82 
 
 		 335 aa  329  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.89 
 
 		 339 aa  328  6e-89  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0115301  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0033  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50.61 
 
 		 365 aa  327  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.04 
 
 		 327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.05 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.06 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1011  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.45 
 
 		 335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 		 337 aa  325  5e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.681243  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 		 328 aa  325  6e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 		 338 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0909  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  48.96 
 
 		 339 aa  324  1e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0025  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.64 
 
 		 338 aa  323  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.730827  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0618  oligopeptide transporter OPT  47.73 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1106  capsular polysaccharide biosynthesis protein  48.96 
 
 		 334 aa  323  2e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 		 335 aa  324  2e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5621  nucleotide sugar epimerase  50.91 
 
 		 338 aa  322  5e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.259916  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.5 
 
 		 336 aa  322  5e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  47.43 
 
 		 337 aa  322  5e-87  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.88 
 
 		 352 aa  322  6e-87  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.216313  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.32 
 
 		 330 aa  322  7e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1400  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  48.95 
 
 		 337 aa  321  8e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.598011 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3735  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.79 
 
 		 337 aa  320  9.999999999999999e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.607722  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.58 
 
 		 335 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.179561  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  49.54 
 
 		 336 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.13 
 
 		 336 aa  318  7e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.64 
 
 		 331 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.8 
 
 		 339 aa  317  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.626876  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.4 
 
 		 336 aa  316  3e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.51 
 
 		 338 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.59 
 
 		 343 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.29 
 
 		 345 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.170063 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>