More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3027 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
337 aa  669    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.586684 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  99.7 
 
 
337 aa  665    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.550526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  93.13 
 
 
337 aa  617  1e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.162103  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4525  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.37 
 
 
338 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.31 
 
 
350 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.32246 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.49 
 
 
338 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.55 
 
 
338 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3924  UDP-glucuronic acid epimerase  54.79 
 
 
339 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.79 
 
 
341 aa  358  7e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.41 
 
 
335 aa  352  7e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.92 
 
 
332 aa  349  5e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3569  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.4 
 
 
334 aa  346  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.303688  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3930  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.8 
 
 
335 aa  345  5e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.61 
 
 
333 aa  343  2e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.94 
 
 
335 aa  339  5e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3735  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.5 
 
 
337 aa  337  9.999999999999999e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.607722  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1106  capsular polysaccharide biosynthesis protein  50.75 
 
 
334 aa  337  9.999999999999999e-92  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0909  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  50.45 
 
 
339 aa  337  1.9999999999999998e-91  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.57 
 
 
335 aa  336  3.9999999999999995e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2638  UDP-glucuronate 5'-epimerase  52.24 
 
 
336 aa  335  5e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.6 
 
 
335 aa  335  5e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.1 
 
 
335 aa  335  7e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.73 
 
 
337 aa  334  1e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0894672 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1835  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.84 
 
 
335 aa  333  3e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00120118 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0033  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.54 
 
 
365 aa  332  5e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
337 aa  332  6e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.5 
 
 
327 aa  331  9e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.8 
 
 
327 aa  330  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4099  hypothetical protein  52.4 
 
 
334 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.104495 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.1 
 
 
334 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.59701  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.1 
 
 
334 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1400  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  51.18 
 
 
337 aa  330  3e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.598011 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03951  putative nucleotide sugar epimerase  47.18 
 
 
348 aa  328  6e-89  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.658541  normal  0.0862143 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  52.82 
 
 
336 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0764  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.79 
 
 
332 aa  327  1.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1681  putative nucleotide sugar epimerase  46.88 
 
 
348 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.174267  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0038  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.19 
 
 
335 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.3 
 
 
339 aa  327  1.0000000000000001e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0115301  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 
338 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
342 aa  325  6e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.194967  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.75 
 
 
335 aa  325  8.000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1467  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  51.81 
 
 
336 aa  325  9e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.5 
 
 
344 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2847  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.69 
 
 
324 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.102669 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.92 
 
 
336 aa  322  5e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.18 
 
 
341 aa  322  5e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.300865  normal  0.221889 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  49.56 
 
 
334 aa  322  6e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.51 
 
 
346 aa  322  8e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.3 
 
 
352 aa  322  8e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.26 
 
 
330 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1011  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.49 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.59 
 
 
337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  50.3 
 
 
337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0609  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.59 
 
 
337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  47.13 
 
 
337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.75 
 
 
341 aa  319  3.9999999999999996e-86  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.3 
 
 
335 aa  318  6e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.89 
 
 
337 aa  317  1e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.681243  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
336 aa  317  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
335 aa  317  2e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000277993  hitchhiker  0.00000000000000308835 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0191  putative nucleotide sugar epimerase  48.37 
 
 
339 aa  316  3e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.068357  normal  0.128971 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.75 
 
 
336 aa  316  3e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
336 aa  316  3e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.45 
 
 
337 aa  316  4e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2640  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.06 
 
 
334 aa  316  4e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.41 
 
 
336 aa  315  5e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000399652  decreased coverage  0.0000579035 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
336 aa  315  5e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2241  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  50.75 
 
 
336 aa  315  8e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
332 aa  315  8e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.55 
 
 
336 aa  314  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2235  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  51.5 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.869767  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
337 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.76 
 
 
324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
336 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13711  putative nucleotide sugar epimerase  44.21 
 
 
345 aa  313  1.9999999999999998e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.365086  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4686  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  47.6 
 
 
335 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01321  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  48.07 
 
 
338 aa  313  2.9999999999999996e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.11 
 
 
336 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0418526  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.3 
 
 
336 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244593  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3886  UDP-glucuronate 5'-epimerase  47.9 
 
 
335 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3979  UDP-glucuronate 5'-epimerase  47.9 
 
 
335 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.4 
 
 
340 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2598  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.06 
 
 
335 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.6 
 
 
335 aa  312  4.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.96 
 
 
335 aa  311  6.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.179561  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4274  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.06 
 
 
335 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4469  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.36 
 
 
335 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.9 
 
 
335 aa  311  1e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.06 
 
 
335 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.41 
 
 
333 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0223  putative nucleotide sugar epimerase  48.81 
 
 
340 aa  309  4e-83  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.55 
 
 
327 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50 
 
 
333 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0803132  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
339 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.626876  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
341 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0237866  hitchhiker  0.0000000224121 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0025  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
338 aa  306  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.730827  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.96 
 
 
336 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.46 
 
 
338 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25381  putative nucleotide sugar epimerase  47.32 
 
 
340 aa  305  5.0000000000000004e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.785313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>