More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2847 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2847  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 324 aa  666    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102669 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5586  capsular polysaccharide biosynthesis protein  69.04 
 
 		 332 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.851116  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.11 
 
 		 331 aa  471  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3886  UDP-glucuronate 5'-epimerase  60.66 
 
 		 335 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4686  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  59.76 
 
 		 335 aa  413  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.13 
 
 		 327 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3979  UDP-glucuronate 5'-epimerase  60.66 
 
 		 335 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.66 
 
 		 335 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4274  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.58 
 
 		 335 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.28 
 
 		 335 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.28 
 
 		 335 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.44 
 
 		 327 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.91 
 
 		 335 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2640  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.81 
 
 		 334 aa  407  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4469  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.98 
 
 		 335 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.1 
 
 		 336 aa  406  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000399652  decreased coverage  0.0000579035 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  59.4 
 
 		 334 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3930  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.42 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.19 
 
 		 335 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.86 
 
 		 336 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1467  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  58.26 
 
 		 336 aa  398  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.55 
 
 		 336 aa  399  9.999999999999999e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.61 
 
 		 335 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.51 
 
 		 336 aa  400  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0038  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.96 
 
 		 335 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.86 
 
 		 335 aa  396  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.66 
 
 		 337 aa  391  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.39 
 
 		 324 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.65 
 
 		 337 aa  391  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.76 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.95 
 
 		 336 aa  388  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0418526  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 		 336 aa  389  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.96 
 
 		 333 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.76 
 
 		 324 aa  388  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0152558  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0618  oligopeptide transporter OPT  55.22 
 
 		 335 aa  386  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.43 
 
 		 330 aa  386  1e-106  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.33 
 
 		 340 aa  384  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.72 
 
 		 335 aa  385  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2598  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.16 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.79 
 
 		 335 aa  386  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.179561  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.29 
 
 		 335 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2241  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  57.36 
 
 		 336 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.01 
 
 		 336 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.01 
 
 		 324 aa  381  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.86 
 
 		 336 aa  383  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.89 
 
 		 335 aa  383  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 		 336 aa  384  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.29 
 
 		 341 aa  383  1e-105  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1011  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.82 
 
 		 335 aa  381  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01321  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  55.92 
 
 		 338 aa  381  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0909  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  55.56 
 
 		 339 aa  379  1e-104  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1400  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  54.63 
 
 		 337 aa  378  1e-104  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.598011 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.93 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.69 
 
 		 338 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1106  capsular polysaccharide biosynthesis protein  55.86 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.43 
 
 		 338 aa  378  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.65 
 
 		 335 aa  378  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.1 
 
 		 336 aa  378  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.04 
 
 		 336 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.22 
 
 		 336 aa  378  1e-104  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.52 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0592  capsular polysaccharide biosynthesis protein  52.54 
 
 		 334 aa  374  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  54.93 
 
 		 337 aa  375  1e-103  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.83 
 
 		 328 aa  376  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.43 
 
 		 337 aa  375  1e-103  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.681243  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.27 
 
 		 327 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5621  nucleotide sugar epimerase  54.79 
 
 		 338 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.259916  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 		 342 aa  375  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.194967  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3735  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.73 
 
 		 337 aa  375  1e-103  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.607722  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  56.12 
 
 		 336 aa  371  1e-102  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  54.82 
 
 		 336 aa  372  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56 
 
 		 330 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.71 
 
 		 330 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.54 
 
 		 335 aa  373  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.33 
 
 		 335 aa  371  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  53.75 
 
 		 337 aa  371  1e-102  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.57 
 
 		 336 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.19 
 
 		 339 aa  368  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.626876  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.62 
 
 		 344 aa  370  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.72 
 
 		 339 aa  369  1e-101  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0115301  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1835  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.52 
 
 		 335 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120118 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0609  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.06 
 
 		 337 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0033  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  54.19 
 
 		 365 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.1 
 
 		 341 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0237866  hitchhiker  0.0000000224121 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.33 
 
 		 335 aa  366  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000277993  hitchhiker  0.00000000000000308835 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.06 
 
 		 337 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.33 
 
 		 341 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.300865  normal  0.221889 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.1 
 
 		 333 aa  364  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0803132  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0025  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.44 
 
 		 338 aa  364  1e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.730827  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.78 
 
 		 346 aa  364  1e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2638  UDP-glucuronate 5'-epimerase  53.43 
 
 		 336 aa  362  4e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12841  putative nucleotide sugar epimerase  52.07 
 
 		 345 aa  359  3e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.363741  normal  0.0780964 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.89 
 
 		 339 aa  358  5e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.53 
 
 		 337 aa  358  6e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3576  UDP-glucuronate 5'-epimerase  52.99 
 
 		 335 aa  354  1e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0892  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.01 
 
 		 324 aa  353  2e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0191  putative nucleotide sugar epimerase  52.99 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.068357  normal  0.128971 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13711  putative nucleotide sugar epimerase  48.67 
 
 		 345 aa  353  2.9999999999999997e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.365086  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0468  glutamyl-tRNA synthetase (glutamate--tRNA ligase; GluRS)  48.43 
 
 		 352 aa  352  4e-96  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.208737  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25381  putative nucleotide sugar epimerase  52.38 
 
 		 340 aa  350  1e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.785313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>