More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3924 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3924  UDP-glucuronic acid epimerase  100 
 
 		 339 aa  701    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.37 
 
 		 338 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.9 
 
 		 338 aa  518  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3569  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.26 
 
 		 334 aa  498  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.303688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.86 
 
 		 341 aa  488  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.82 
 
 		 334 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.59701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.9 
 
 		 337 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0894672 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.82 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4099  hypothetical protein  53.92 
 
 		 334 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.104495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.79 
 
 		 337 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.586684 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.79 
 
 		 337 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.550526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.19 
 
 		 337 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.162103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4525  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.8 
 
 		 338 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.71 
 
 		 332 aa  354  1e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.07 
 
 		 350 aa  353  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.32246 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0764  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.1 
 
 		 332 aa  352  4e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0909  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  49.7 
 
 		 339 aa  347  2e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1106  capsular polysaccharide biosynthesis protein  49.7 
 
 		 334 aa  346  4e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3576  UDP-glucuronate 5'-epimerase  51.49 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 		 335 aa  342  4e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.11 
 
 		 333 aa  340  2e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.36 
 
 		 335 aa  340  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1011  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.34 
 
 		 335 aa  338  5e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.1 
 
 		 337 aa  339  5e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2640  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.96 
 
 		 334 aa  337  1.9999999999999998e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.8 
 
 		 335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1835  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.11 
 
 		 335 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120118 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.48 
 
 		 337 aa  334  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.66 
 
 		 336 aa  333  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000399652  decreased coverage  0.0000579035 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.36 
 
 		 335 aa  333  4e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.19 
 
 		 327 aa  332  5e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4686  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  48.53 
 
 		 335 aa  331  1e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3930  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.93 
 
 		 335 aa  331  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.8 
 
 		 337 aa  331  1e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3735  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.57 
 
 		 337 aa  330  2e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.607722  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  48.66 
 
 		 334 aa  330  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.194967  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 		 336 aa  330  2e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.89 
 
 		 327 aa  330  2e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2235  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  49.85 
 
 		 334 aa  330  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.869767  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.04 
 
 		 330 aa  329  4e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  48.21 
 
 		 336 aa  328  6e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.36 
 
 		 336 aa  328  6e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.67 
 
 		 341 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.300865  normal  0.221889 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.76 
 
 		 335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0038  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.36 
 
 		 335 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01321  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  47.8 
 
 		 338 aa  325  6e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.92 
 
 		 337 aa  325  7e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.681243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3886  UDP-glucuronate 5'-epimerase  47.65 
 
 		 335 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  48.21 
 
 		 337 aa  324  1e-87  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.36 
 
 		 344 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3979  UDP-glucuronate 5'-epimerase  47.65 
 
 		 335 aa  324  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.45 
 
 		 346 aa  324  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1400  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  48.36 
 
 		 337 aa  324  2e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.598011 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4469  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.92 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.02 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.04 
 
 		 333 aa  323  2e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.92 
 
 		 335 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4274  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.92 
 
 		 335 aa  322  4e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 		 335 aa  322  4e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.76 
 
 		 341 aa  322  6e-87  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.6 
 
 		 337 aa  322  7e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.35 
 
 		 335 aa  321  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.62 
 
 		 335 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1467  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  47.46 
 
 		 336 aa  321  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.59 
 
 		 328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.67 
 
 		 331 aa  320  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0033  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.92 
 
 		 365 aa  319  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.2 
 
 		 336 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  46.67 
 
 		 337 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2638  UDP-glucuronate 5'-epimerase  47.48 
 
 		 336 aa  319  5e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.73 
 
 		 336 aa  318  7e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0468  glutamyl-tRNA synthetase (glutamate--tRNA ligase; GluRS)  45.71 
 
 		 352 aa  318  1e-85  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.208737  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0618  oligopeptide transporter OPT  48.06 
 
 		 335 aa  317  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.94 
 
 		 338 aa  317  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.01 
 
 		 335 aa  316  3e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.54 
 
 		 335 aa  315  5e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 		 339 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.626876  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0609  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.45 
 
 		 337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.38 
 
 		 337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.13 
 
 		 336 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0418526  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.13 
 
 		 336 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.45 
 
 		 337 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.71 
 
 		 335 aa  314  1.9999999999999998e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000277993  hitchhiker  0.00000000000000308835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.81 
 
 		 336 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.19 
 
 		 345 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.170063 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  47.27 
 
 		 336 aa  312  4.999999999999999e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1396  WbnF  43.43 
 
 		 352 aa  312  4.999999999999999e-84  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508073  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.83 
 
 		 336 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.9 
 
 		 373 aa  311  6.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2847  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.76 
 
 		 324 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102669 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.53 
 
 		 336 aa  311  1e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 		 338 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3026  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.48 
 
 		 343 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.56 
 
 		 340 aa  309  2.9999999999999997e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  45.56 
 
 		 352 aa  309  4e-83  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.216313  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.18 
 
 		 349 aa  309  5e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.97 
 
 		 335 aa  309  5e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.179561  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.78 
 
 		 335 aa  309  5e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.81 
 
 		 336 aa  309  5e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>