77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3772 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  100 
 
 		 334 aa  687    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  71.39 
 
 		 348 aa  490  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  68.73 
 
 		 332 aa  462  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  69.25 
 
 		 335 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  68.24 
 
 		 320 aa  454  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  68.24 
 
 		 320 aa  454  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  53.8 
 
 		 350 aa  363  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  48.93 
 
 		 347 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  52.96 
 
 		 312 aa  282  5.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0352  hypothetical protein  58.3 
 
 		 276 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  46.3 
 
 		 410 aa  219  7e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  41.15 
 
 		 311 aa  208  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2782  Replication initiator protein A  37.99 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  40.08 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  37.16 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  34.98 
 
 		 374 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  34.74 
 
 		 372 aa  145  9e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  36.51 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  36.11 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  37.86 
 
 		 353 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  38.27 
 
 		 370 aa  142  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  36.95 
 
 		 285 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  35.77 
 
 		 390 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  37.85 
 
 		 386 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  36.69 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  36.21 
 
 		 391 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  36.44 
 
 		 351 aa  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  35.21 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  35.02 
 
 		 351 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  35.41 
 
 		 391 aa  135  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  35.51 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  34.34 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  36.32 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  35.51 
 
 		 384 aa  132  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  35.51 
 
 		 386 aa  132  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  35.51 
 
 		 386 aa  132  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  35.63 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  35.8 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  33.33 
 
 		 415 aa  130  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  35.12 
 
 		 371 aa  129  8.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  34.82 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  34.63 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  35.22 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  34.54 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3558  replication protein A  37.34 
 
 		 394 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  32.21 
 
 		 426 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  35.22 
 
 		 289 aa  127  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  35.22 
 
 		 289 aa  127  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  34.54 
 
 		 285 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  34.94 
 
 		 285 aa  126  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  34.82 
 
 		 285 aa  125  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  34.82 
 
 		 285 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  31.46 
 
 		 418 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  34.19 
 
 		 379 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0981  putative replication protein A  31.47 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  35.22 
 
 		 285 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  34.01 
 
 		 285 aa  123  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  34.01 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  34.27 
 
 		 282 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  35.74 
 
 		 281 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  32.68 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  29.17 
 
 		 381 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  33.2 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  33.98 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  34.54 
 
 		 283 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  30.86 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  34.14 
 
 		 285 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  32.93 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  33.2 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  29.62 
 
 		 414 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  33.2 
 
 		 285 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  33.2 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  33.2 
 
 		 285 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  33.33 
 
 		 442 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  29.28 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  26.74 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  20.92 
 
 		 393 aa  49.7  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>