74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3863 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  100 
 
 		 393 aa  802    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  30 
 
 		 414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  29.39 
 
 		 415 aa  122  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  28.87 
 
 		 426 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  29.15 
 
 		 418 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  25.88 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  25.46 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  30.25 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  25.09 
 
 		 322 aa  76.3  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  27 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  27.27 
 
 		 287 aa  69.3  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  28.79 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  25.86 
 
 		 391 aa  62  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  25.67 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  25.38 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  25 
 
 		 282 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  24.91 
 
 		 285 aa  59.3  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  24.72 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  26.72 
 
 		 289 aa  58.9  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  26.72 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  24.91 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  26.72 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  25.9 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  27.55 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  26.72 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  25.47 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  26.34 
 
 		 442 aa  57  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  26.09 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  25.95 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  26.09 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  26.24 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  26.24 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  24.48 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  25.43 
 
 		 386 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  25.38 
 
 		 292 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  25.17 
 
 		 311 aa  56.2  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  25.91 
 
 		 293 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  27.27 
 
 		 277 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  24.91 
 
 		 281 aa  55.1  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  24.52 
 
 		 283 aa  54.7  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  23.15 
 
 		 314 aa  53.9  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  24.49 
 
 		 391 aa  53.5  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  25.42 
 
 		 386 aa  53.9  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  25.42 
 
 		 386 aa  53.9  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  25.59 
 
 		 374 aa  53.9  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  23.75 
 
 		 285 aa  53.5  0.000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  28.07 
 
 		 384 aa  53.5  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  23.35 
 
 		 351 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  24.8 
 
 		 295 aa  52.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  25.2 
 
 		 285 aa  52.8  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  23.85 
 
 		 347 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  24.03 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  24.07 
 
 		 381 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  27.62 
 
 		 379 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  22.01 
 
 		 335 aa  50.8  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  20.38 
 
 		 401 aa  50.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3469  hypothetical protein  35 
 
 		 139 aa  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  20.92 
 
 		 334 aa  49.7  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  22.39 
 
 		 320 aa  49.7  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  22.39 
 
 		 320 aa  49.7  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  20.15 
 
 		 353 aa  49.7  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  23.26 
 
 		 334 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  25.68 
 
 		 386 aa  49.3  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  22.15 
 
 		 321 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  20.38 
 
 		 410 aa  48.1  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  23.67 
 
 		 370 aa  47.4  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0198  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 		 460 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00733858  normal  0.0821352 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  24.9 
 
 		 270 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  21.65 
 
 		 371 aa  45.4  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  24.81 
 
 		 312 aa  46.2  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  22.81 
 
 		 350 aa  45.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  22.48 
 
 		 351 aa  44.3  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  22.86 
 
 		 370 aa  43.9  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  21.24 
 
 		 372 aa  43.5  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>