78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3179 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  100 
 
 		 370 aa  753    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  69.12 
 
 		 371 aa  484  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  69.28 
 
 		 353 aa  455  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  70.21 
 
 		 372 aa  453  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  68.02 
 
 		 370 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3558  replication protein A  66.67 
 
 		 394 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.53 
 
 		 281 aa  309  4e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  46.88 
 
 		 386 aa  309  5e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  46.88 
 
 		 386 aa  309  5e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  49.43 
 
 		 391 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  59.52 
 
 		 283 aa  309  5.9999999999999995e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  59.3 
 
 		 281 aa  308  8e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  55.76 
 
 		 285 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  59.3 
 
 		 285 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  55.76 
 
 		 285 aa  308  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  49.07 
 
 		 390 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  58.03 
 
 		 293 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  54.33 
 
 		 293 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  55.76 
 
 		 442 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  58.33 
 
 		 351 aa  305  9.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  57.2 
 
 		 282 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  57.72 
 
 		 277 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  55.76 
 
 		 285 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  56.41 
 
 		 285 aa  302  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  52.82 
 
 		 292 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  55.04 
 
 		 285 aa  300  2e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  55.04 
 
 		 289 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  55.31 
 
 		 285 aa  300  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  54.78 
 
 		 285 aa  300  3e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  52.88 
 
 		 334 aa  299  5e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  54.95 
 
 		 285 aa  299  6e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  54.95 
 
 		 285 aa  299  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  56.09 
 
 		 294 aa  298  9e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  53.85 
 
 		 386 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  55.68 
 
 		 285 aa  298  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.75 
 
 		 270 aa  296  3e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  48.93 
 
 		 391 aa  296  4e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  57.87 
 
 		 285 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  46.11 
 
 		 384 aa  293  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  49.38 
 
 		 379 aa  293  4e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  57.48 
 
 		 295 aa  293  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  48.32 
 
 		 386 aa  292  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  58.16 
 
 		 289 aa  290  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  58.16 
 
 		 289 aa  290  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  57.98 
 
 		 287 aa  282  6.000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  58.3 
 
 		 294 aa  282  6.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  46.2 
 
 		 351 aa  277  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  50.51 
 
 		 292 aa  276  4e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  50.69 
 
 		 297 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0981  putative replication protein A  48.21 
 
 		 357 aa  256  4e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  47.62 
 
 		 401 aa  209  9e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  48.5 
 
 		 321 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  45.82 
 
 		 381 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  42.32 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  38.27 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  38.75 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  34.98 
 
 		 410 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  38.75 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  38.75 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  34.03 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  35.48 
 
 		 347 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2782  Replication initiator protein A  31.73 
 
 		 370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  35.34 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  32.66 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  36.25 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0352  hypothetical protein  38.67 
 
 		 276 aa  123  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  31.67 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  32.26 
 
 		 321 aa  117  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  30.95 
 
 		 418 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  30.56 
 
 		 426 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  29.48 
 
 		 414 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  31.45 
 
 		 314 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  30.74 
 
 		 415 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  29.57 
 
 		 352 aa  99.8  7e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  30.77 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  30.28 
 
 		 310 aa  94.4  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3469  hypothetical protein  35.14 
 
 		 139 aa  47.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  22.86 
 
 		 393 aa  43.9  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>