78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3558 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3558  replication protein A  100 
 
 		 394 aa  804    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  72.83 
 
 		 372 aa  500  1e-140  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  73.07 
 
 		 370 aa  485  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  72.31 
 
 		 371 aa  482  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  69.79 
 
 		 353 aa  468  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  66.67 
 
 		 370 aa  425  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  53.09 
 
 		 391 aa  323  4e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  52.47 
 
 		 386 aa  318  7e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  52.47 
 
 		 386 aa  318  7e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  46.95 
 
 		 390 aa  316  6e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  51.23 
 
 		 391 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  50.46 
 
 		 384 aa  312  5.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.67 
 
 		 281 aa  310  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  58.87 
 
 		 442 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  57.82 
 
 		 293 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  50.15 
 
 		 351 aa  308  6.999999999999999e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  57.66 
 
 		 285 aa  308  8e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.03 
 
 		 285 aa  308  9e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  58.03 
 
 		 285 aa  308  9e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  50 
 
 		 386 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  57.3 
 
 		 285 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.03 
 
 		 289 aa  306  4.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  58.3 
 
 		 285 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.3 
 
 		 281 aa  305  8.000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  56.52 
 
 		 285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  49.69 
 
 		 379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.21 
 
 		 277 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  55.33 
 
 		 334 aa  303  4.0000000000000003e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  55.07 
 
 		 386 aa  301  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  57.63 
 
 		 282 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  56.67 
 
 		 283 aa  300  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  57.53 
 
 		 285 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  56.72 
 
 		 285 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  57.53 
 
 		 285 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.8 
 
 		 285 aa  297  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  56.77 
 
 		 294 aa  297  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  56.62 
 
 		 285 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  56.02 
 
 		 292 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  57.37 
 
 		 293 aa  293  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  55.56 
 
 		 295 aa  292  6e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  54.74 
 
 		 285 aa  292  8e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  58.46 
 
 		 270 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  52.94 
 
 		 294 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  51.89 
 
 		 292 aa  280  3e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  51.44 
 
 		 351 aa  279  8e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  52.88 
 
 		 297 aa  277  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  55.97 
 
 		 289 aa  273  5.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  55.97 
 
 		 289 aa  273  5.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  54.3 
 
 		 287 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0981  putative replication protein A  46.34 
 
 		 357 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  44.44 
 
 		 381 aa  205  9e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  43.32 
 
 		 401 aa  202  8e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  42.91 
 
 		 322 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  40.6 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  36.89 
 
 		 348 aa  136  7.000000000000001e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  37.34 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  34.63 
 
 		 410 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  34.73 
 
 		 335 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  34.02 
 
 		 350 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  35.71 
 
 		 347 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  35.25 
 
 		 312 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  34.85 
 
 		 320 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  34.85 
 
 		 320 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  31.25 
 
 		 321 aa  124  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  33.98 
 
 		 332 aa  123  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2782  Replication initiator protein A  31.37 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  32.53 
 
 		 414 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0352  hypothetical protein  36.44 
 
 		 276 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  32.14 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  30.8 
 
 		 418 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  31.86 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  30.8 
 
 		 426 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  32.11 
 
 		 314 aa  107  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  31.49 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  31.4 
 
 		 352 aa  106  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  30.36 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  24.35 
 
 		 393 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3469  hypothetical protein  34.72 
 
 		 139 aa  43.9  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>