78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1512 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  100 
 
 		 390 aa  791    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  81.7 
 
 		 391 aa  634  1e-180  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  77.95 
 
 		 386 aa  593  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  77.95 
 
 		 386 aa  593  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  77.57 
 
 		 386 aa  590  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  80.17 
 
 		 391 aa  580  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  81.61 
 
 		 386 aa  569  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  78.72 
 
 		 384 aa  551  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  77.98 
 
 		 379 aa  532  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  69.69 
 
 		 351 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  78.71 
 
 		 294 aa  431  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  75.18 
 
 		 293 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  75.66 
 
 		 293 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  75 
 
 		 292 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  59.83 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  72.97 
 
 		 289 aa  388  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  74.25 
 
 		 294 aa  390  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  71.85 
 
 		 287 aa  388  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  72.97 
 
 		 289 aa  388  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  69.17 
 
 		 283 aa  387  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  68.36 
 
 		 285 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  68 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  68 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  69.37 
 
 		 442 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  68 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  68.36 
 
 		 289 aa  383  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  69.74 
 
 		 285 aa  383  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  68.86 
 
 		 282 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  69.26 
 
 		 285 aa  379  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  69.26 
 
 		 285 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.91 
 
 		 285 aa  380  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.78 
 
 		 285 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  68.3 
 
 		 281 aa  374  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  65.82 
 
 		 285 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  66.05 
 
 		 295 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.42 
 
 		 285 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.79 
 
 		 277 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  67.92 
 
 		 285 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  71.48 
 
 		 292 aa  365  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  69.66 
 
 		 297 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.29 
 
 		 270 aa  365  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.79 
 
 		 281 aa  364  1e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  54.15 
 
 		 372 aa  338  7e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  54.15 
 
 		 371 aa  337  1.9999999999999998e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  52.75 
 
 		 370 aa  334  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  62.32 
 
 		 334 aa  333  4e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  52.71 
 
 		 353 aa  332  5e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  49.07 
 
 		 370 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3558  replication protein A  46.95 
 
 		 394 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0981  putative replication protein A  40.96 
 
 		 357 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  41.31 
 
 		 401 aa  212  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  42.21 
 
 		 381 aa  200  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  40.67 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  40.65 
 
 		 321 aa  192  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  37.7 
 
 		 335 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  37.3 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  37.3 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  35.77 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  34.13 
 
 		 348 aa  134  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  33.09 
 
 		 410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  34.12 
 
 		 347 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  33.81 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  31.08 
 
 		 350 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0352  hypothetical protein  34.36 
 
 		 276 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  32.23 
 
 		 352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  30.48 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  29.7 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  31.94 
 
 		 414 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  30.51 
 
 		 314 aa  112  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  31.85 
 
 		 312 aa  110  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2782  Replication initiator protein A  28.62 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  31.56 
 
 		 415 aa  98.6  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  28.83 
 
 		 310 aa  95.1  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  29.76 
 
 		 426 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  29.37 
 
 		 418 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  28.74 
 
 		 374 aa  90.9  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  24.03 
 
 		 393 aa  51.6  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3469  hypothetical protein  30.23 
 
 		 139 aa  43.5  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>