78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0846 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  100 
 
 		 287 aa  574  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  79.18 
 
 		 289 aa  424  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  79.18 
 
 		 289 aa  424  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  70.92 
 
 		 292 aa  398  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  71.64 
 
 		 294 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  69.82 
 
 		 391 aa  387  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  72.59 
 
 		 386 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  72.59 
 
 		 386 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  71.85 
 
 		 390 aa  388  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  70.55 
 
 		 293 aa  387  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  70.74 
 
 		 384 aa  384  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  72.08 
 
 		 293 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  72.31 
 
 		 386 aa  385  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  68.64 
 
 		 379 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  72.52 
 
 		 391 aa  386  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  73.36 
 
 		 294 aa  379  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  70.34 
 
 		 386 aa  374  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  71.01 
 
 		 292 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  72.26 
 
 		 297 aa  374  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  69.73 
 
 		 351 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  65.6 
 
 		 442 aa  360  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.56 
 
 		 283 aa  360  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  68.01 
 
 		 285 aa  359  4e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  65.61 
 
 		 289 aa  359  4e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  68.44 
 
 		 281 aa  358  6e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  67.65 
 
 		 285 aa  357  9e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.78 
 
 		 285 aa  356  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  67.28 
 
 		 285 aa  356  1.9999999999999998e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  68.97 
 
 		 282 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.54 
 
 		 285 aa  350  2e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.54 
 
 		 285 aa  350  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  65.33 
 
 		 295 aa  348  5e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  65.57 
 
 		 285 aa  348  6e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  71.26 
 
 		 285 aa  348  7e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.68 
 
 		 285 aa  347  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.3 
 
 		 281 aa  346  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  68.9 
 
 		 285 aa  345  4e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  68.9 
 
 		 285 aa  345  4e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  66.92 
 
 		 285 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.29 
 
 		 277 aa  345  6e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  65.27 
 
 		 351 aa  343  2.9999999999999997e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  64.64 
 
 		 270 aa  332  5e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  57.76 
 
 		 334 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  55.73 
 
 		 370 aa  287  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  54.44 
 
 		 371 aa  283  3.0000000000000004e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  57.98 
 
 		 370 aa  282  4.0000000000000003e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  57.32 
 
 		 372 aa  281  1e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  53.64 
 
 		 353 aa  273  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3558  replication protein A  54.3 
 
 		 394 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0981  putative replication protein A  45.24 
 
 		 357 aa  208  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  42.96 
 
 		 381 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  40.14 
 
 		 401 aa  203  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  40 
 
 		 321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  40.15 
 
 		 322 aa  196  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  34.63 
 
 		 334 aa  128  8.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  34.75 
 
 		 410 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  33.87 
 
 		 350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  35.32 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  32.47 
 
 		 414 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  34.47 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  34.47 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  34.24 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  32.58 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0352  hypothetical protein  35.66 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  35.56 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  34.29 
 
 		 415 aa  119  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  33.47 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  33.19 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  33.47 
 
 		 347 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  29.62 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  32 
 
 		 426 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  32.83 
 
 		 374 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  32.34 
 
 		 418 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2782  Replication initiator protein A  31.62 
 
 		 370 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  30.22 
 
 		 352 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  29.1 
 
 		 310 aa  87  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  27.27 
 
 		 393 aa  69.3  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3469  hypothetical protein  37.5 
 
 		 139 aa  57.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>