78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0132 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  100 
 
 		 289 aa  581  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  100 
 
 		 289 aa  581  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  78.1 
 
 		 287 aa  429  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  74.9 
 
 		 386 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  72.76 
 
 		 293 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  74.9 
 
 		 386 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  70.96 
 
 		 293 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  72.62 
 
 		 386 aa  394  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  73.38 
 
 		 391 aa  396  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  73 
 
 		 390 aa  396  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  71.48 
 
 		 386 aa  391  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  72.8 
 
 		 294 aa  391  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  72.62 
 
 		 379 aa  387  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  71.27 
 
 		 384 aa  388  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  72.69 
 
 		 391 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  70.18 
 
 		 292 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  74.73 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  70.67 
 
 		 297 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  71.96 
 
 		 292 aa  373  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  69.73 
 
 		 351 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.86 
 
 		 285 aa  364  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.67 
 
 		 285 aa  364  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  67.73 
 
 		 282 aa  363  1e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.67 
 
 		 285 aa  364  1e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.67 
 
 		 285 aa  364  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  69.2 
 
 		 285 aa  363  2e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  65 
 
 		 283 aa  362  6e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.3 
 
 		 281 aa  360  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  66.18 
 
 		 285 aa  358  4e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.42 
 
 		 285 aa  357  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  68.44 
 
 		 289 aa  355  3.9999999999999996e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.92 
 
 		 285 aa  355  3.9999999999999996e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  67.68 
 
 		 442 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  68.2 
 
 		 285 aa  353  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  65.45 
 
 		 277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  67.94 
 
 		 285 aa  352  4e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  65.09 
 
 		 281 aa  349  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  64.18 
 
 		 295 aa  348  7e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  64.18 
 
 		 285 aa  347  1e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  64.49 
 
 		 285 aa  345  5e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  65.38 
 
 		 351 aa  344  1e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  64.64 
 
 		 270 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  61.9 
 
 		 334 aa  330  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  56.3 
 
 		 370 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  55.6 
 
 		 371 aa  287  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  61.67 
 
 		 370 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  56.91 
 
 		 353 aa  285  5.999999999999999e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  56.1 
 
 		 372 aa  278  8e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3558  replication protein A  55.97 
 
 		 394 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  43.35 
 
 		 401 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0981  putative replication protein A  46.37 
 
 		 357 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  42.11 
 
 		 381 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  41.86 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  38.97 
 
 		 321 aa  198  7e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0352  hypothetical protein  37.3 
 
 		 276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  32.96 
 
 		 352 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  34.11 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  35.22 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  34.45 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  31.62 
 
 		 414 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  33.61 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  33.61 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  34 
 
 		 348 aa  116  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  33.33 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  32.2 
 
 		 410 aa  112  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  29.21 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  31.2 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  30.89 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  31.58 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  33.2 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  29.66 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  31.82 
 
 		 418 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  31.82 
 
 		 426 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  31 
 
 		 415 aa  101  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2782  Replication initiator protein A  30.93 
 
 		 370 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  29.07 
 
 		 374 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  25 
 
 		 393 aa  57  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3469  hypothetical protein  35.63 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>