78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1254 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  100 
 
 		 285 aa  581  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  97.19 
 
 		 442 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  97.89 
 
 		 285 aa  564  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  97.54 
 
 		 289 aa  564  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  97.19 
 
 		 285 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  96.14 
 
 		 285 aa  557  1e-158  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  88.07 
 
 		 285 aa  510  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  87.37 
 
 		 285 aa  501  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  86.32 
 
 		 285 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  86.32 
 
 		 285 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  85.96 
 
 		 285 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  89.09 
 
 		 282 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  87.91 
 
 		 281 aa  485  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  84.62 
 
 		 285 aa  484  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  86.45 
 
 		 281 aa  481  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  84.27 
 
 		 295 aa  482  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  83.92 
 
 		 285 aa  481  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  86.81 
 
 		 285 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  85.04 
 
 		 277 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  80.7 
 
 		 283 aa  463  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  78.73 
 
 		 270 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  75.28 
 
 		 294 aa  407  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  75.93 
 
 		 292 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  74.16 
 
 		 293 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  72.76 
 
 		 293 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  69.71 
 
 		 391 aa  385  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  69.09 
 
 		 386 aa  385  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  69.49 
 
 		 386 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  69.74 
 
 		 390 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  69 
 
 		 384 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  69.85 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  68.75 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  68.75 
 
 		 386 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  68.5 
 
 		 379 aa  374  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  68.7 
 
 		 351 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  67.78 
 
 		 287 aa  356  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  67.15 
 
 		 334 aa  353  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  66.42 
 
 		 289 aa  352  4e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  66.42 
 
 		 289 aa  352  4e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  69.17 
 
 		 294 aa  350  2e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  64.07 
 
 		 351 aa  341  8e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  65.47 
 
 		 297 aa  340  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  64.79 
 
 		 292 aa  328  5.0000000000000004e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  58.24 
 
 		 370 aa  310  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  56.78 
 
 		 353 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  58.49 
 
 		 372 aa  306  3e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  57.74 
 
 		 371 aa  302  4.0000000000000003e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  56.41 
 
 		 370 aa  302  4.0000000000000003e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3558  replication protein A  58.03 
 
 		 394 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0981  putative replication protein A  43.3 
 
 		 357 aa  215  7e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  43.73 
 
 		 381 aa  205  7e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  41.67 
 
 		 322 aa  202  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  42.53 
 
 		 401 aa  196  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  40.07 
 
 		 321 aa  193  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  35.74 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  33.6 
 
 		 335 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  34.01 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  34.01 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0352  hypothetical protein  35.54 
 
 		 276 aa  122  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  30.71 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  32.81 
 
 		 410 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  30.88 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  31.16 
 
 		 414 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  31.18 
 
 		 350 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  33.2 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  33.61 
 
 		 348 aa  115  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  29.89 
 
 		 347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  32.11 
 
 		 332 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  29.84 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  29.47 
 
 		 352 aa  109  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  32.96 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  31.65 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  29.43 
 
 		 418 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  29.71 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  30.08 
 
 		 426 aa  99  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2782  Replication initiator protein A  28.17 
 
 		 370 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  26.72 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3469  hypothetical protein  34.09 
 
 		 139 aa  52.4  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>