78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7431 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7431  putative replication protein A  100 
 
 		 351 aa  717    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1204  replication protein A  71.47 
 
 		 386 aa  478  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3531  replication protein A  71.47 
 
 		 386 aa  478  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0674076  normal  0.696924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0581  replication protein A  68.84 
 
 		 379 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0547768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3184  replication protein A  70.87 
 
 		 391 aa  475  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3015  replication protein A  71.17 
 
 		 391 aa  477  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1512  replication protein A  68.98 
 
 		 390 aa  471  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.36789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4015  replication protein A  70.27 
 
 		 384 aa  471  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0710  replication protein A  70.15 
 
 		 386 aa  471  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3076  replication protein A  69.97 
 
 		 386 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1034  putative replication protein  63.71 
 
 		 351 aa  447  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3817  putative plasmid replication protein A  74.55 
 
 		 294 aa  417  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7731  putative plasmid replication protein A  74.1 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3908  putative replication protein A  70.59 
 
 		 293 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3347  putative replication protein A  73.68 
 
 		 293 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.632364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0458  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.52 
 
 		 285 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.365909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1254  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.52 
 
 		 285 aa  375  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0838282 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1485  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.52 
 
 		 289 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.158204 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1288  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  67.52 
 
 		 285 aa  376  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3526  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.88 
 
 		 285 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31110  putative replication initiator and transcriptional repressor protein  68.15 
 
 		 442 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000673493  unclonable  2.75454e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1878  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  67.88 
 
 		 285 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2653  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.88 
 
 		 285 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.585943  normal  0.150321 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4166  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.16 
 
 		 283 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2933  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.15 
 
 		 285 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3024  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.52 
 
 		 285 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2721  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.52 
 
 		 285 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2620  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  68.16 
 
 		 282 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0239154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0846  replication protein A  69.47 
 
 		 287 aa  370  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0122468 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3370  putative replication protein A  69.77 
 
 		 289 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11317 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2606  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.17 
 
 		 281 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0132  putative replication protein A  69.77 
 
 		 289 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303306  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1263  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.53 
 
 		 285 aa  367  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2624  putative replication protein A  67.72 
 
 		 294 aa  363  2e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0686  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.55 
 
 		 281 aa  362  7.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1985  putative replication initiator and transcription repressor protein  66.18 
 
 		 277 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35980  conserved hypothetical replication initiator and transcription repressor protein  66.55 
 
 		 295 aa  360  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3731  replication protein A  67.17 
 
 		 285 aa  360  3e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1142  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.16 
 
 		 270 aa  359  4e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2329  putative replication initiator and transcription repressor protein  67.29 
 
 		 285 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3683  plasmid replication initiator-like protein  70.93 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2086  Plasmid replication initiator protein-like protein  62.54 
 
 		 334 aa  350  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0364  putative replication protein A  68.58 
 
 		 292 aa  348  6e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2798  replication protein A  51.49 
 
 		 371 aa  325  1e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0523  replication protein A  51.64 
 
 		 353 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1607  replication protein A  50.31 
 
 		 372 aa  311  1e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.288709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3842  replication protein A  50.6 
 
 		 370 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198211  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3179  replication protein A  56.2 
 
 		 370 aa  308  8e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3558  replication protein A  50.46 
 
 		 394 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0981  putative replication protein A  43.75 
 
 		 357 aa  216  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3589  plasmid replication initiator protein-like protein  42.44 
 
 		 401 aa  213  3.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6986  hypothetical protein  41.44 
 
 		 381 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5338  plasmid replication initiator protein-like protein  41.94 
 
 		 321 aa  199  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5168  plasmid replication initiator protein-like protein  41.11 
 
 		 322 aa  190  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.697276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3772  hypothetical protein  35.02 
 
 		 334 aa  136  7.000000000000001e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0602576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4241  hypothetical protein  35.29 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.779681 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4081  hypothetical protein  34.87 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.23652 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_6257  plasmid replication initiator protein RepA  34.87 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0332659  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2817  plasmid replication initiator protein-like  32.78 
 
 		 410 aa  127  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.03841  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  34.15 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  35 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  31.45 
 
 		 350 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0364  repA-related protein  31.82 
 
 		 352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7398  hypothetical protein  30.37 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  31.84 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6459  putative replication protein  29.22 
 
 		 414 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.34546 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2399  hypothetical protein  29.82 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0352  hypothetical protein  31.69 
 
 		 276 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2782  Replication initiator protein A  31.28 
 
 		 370 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4988  plasmid replication initiator protein-like protein  29.76 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862062  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6268  hypothetical protein  29.93 
 
 		 374 aa  100  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0711171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3681  replication protein  30.95 
 
 		 418 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4219  hypothetical protein  28.05 
 
 		 311 aa  99.4  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3469  replication protein  30.95 
 
 		 426 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235801  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3890  replication protein  30.71 
 
 		 415 aa  99  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.353043  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0024  RepA-related protein  29.5 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3863  hypothetical protein  23.35 
 
 		 393 aa  52.4  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3469  hypothetical protein  36.36 
 
 		 139 aa  50.8  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>