102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0744 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  100 
 
 		 95 aa  196  7.999999999999999e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  58.7 
 
 		 93 aa  118  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  48.84 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  45.65 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  45.65 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  47.67 
 
 		 94 aa  87  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  47.06 
 
 		 95 aa  86.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  45.88 
 
 		 95 aa  83.6  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 116 aa  70.5  0.000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  42.31 
 
 		 94 aa  66.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 95 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  46.05 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 95 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  45.88 
 
 		 105 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 95 aa  57  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 104 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 93 aa  55.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  42.7 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  42.7 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  46.75 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 95 aa  53.5  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  36.62 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 104 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 109 aa  51.6  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 103 aa  50.8  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 103 aa  50.8  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 103 aa  50.8  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  41.11 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  40 
 
 		 149 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  30.95 
 
 		 90 aa  49.7  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  37.21 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  32.88 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 117 aa  47.8  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 102 aa  47.4  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 68 aa  47  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 91 aa  45.4  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 89 aa  44.7  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 103 aa  44.7  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  37.7 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 104 aa  43.9  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 135 aa  43.9  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 135 aa  43.9  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4567  hypothetical protein  42 
 
 		 264 aa  43.9  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.266381 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0024  hypothetical protein  38.57 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000416515  hitchhiker  0.00176167 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 432 aa  42.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 206 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1336  helix-turn-helix domain-containing protein  48.98 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1661  helix-turn-helix domain-containing protein  48.98 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 213 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  41.67 
 
 		 516 aa  42  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 161 aa  42  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  28.17 
 
 		 91 aa  42  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 101 aa  41.6  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 101 aa  41.6  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 212 aa  41.2  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 134 aa  41.2  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  36.84 
 
 		 88 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3835  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  37.5 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 123 aa  40.8  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  37.5 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  37.5 
 
 		 136 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  37.5 
 
 		 136 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  37.5 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 108 aa  40.8  0.007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 145 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 104 aa  40.4  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3281  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 173 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.871806 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 89 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 124 aa  40.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>