50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0182 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 89 aa  179  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4348  hypothetical protein  81.4 
 
 		 93 aa  148  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1039  hypothetical protein  81.4 
 
 		 93 aa  147  5e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2102  hypothetical protein  80.23 
 
 		 93 aa  144  4.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3517  XRE family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 93 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0118  XRE family transcriptional regulator  77.91 
 
 		 94 aa  142  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3840  hypothetical protein  76.74 
 
 		 93 aa  140  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12776  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1109  transcriptional regulator, XRE family  74.42 
 
 		 93 aa  136  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  72.09 
 
 		 93 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  70.93 
 
 		 93 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  70.93 
 
 		 93 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4335  XRE family transcriptional regulator  70.93 
 
 		 93 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.827532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  68.6 
 
 		 93 aa  121  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  58.82 
 
 		 95 aa  110  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  55.81 
 
 		 96 aa  107  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  55.81 
 
 		 96 aa  107  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1581  hypothetical protein  55.81 
 
 		 94 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.89904  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 93 aa  94  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  53.09 
 
 		 103 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27820  hypothetical protein  55 
 
 		 95 aa  84.3  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3970  transcriptional regulator  57.81 
 
 		 72 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1558  hypothetical protein  39.76 
 
 		 95 aa  63.5  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101581 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  39.77 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  45.95 
 
 		 92 aa  60.5  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1887  hypothetical protein  56.6 
 
 		 95 aa  60.1  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  40.58 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0276  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000123998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0293  hypothetical protein  40 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000404115  normal  0.251611 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 109 aa  50.4  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0483  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 105 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0402  hypothetical protein  34.83 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.782427  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1141  hypothetical protein  34.83 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.328884  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4238  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4132  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0723  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.474185 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4450  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3975  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4297  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4189  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1383  hypothetical protein  42.55 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3745  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0603031  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0994  hypothetical protein  41.38 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4385  hypothetical protein  36.21 
 
 		 112 aa  42  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5295  XRE family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 128 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3843  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 112 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  41.79 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>