50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3475 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  100 
 
 		 103 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1109  transcriptional regulator, XRE family  57.14 
 
 		 93 aa  104  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2102  hypothetical protein  54.76 
 
 		 93 aa  102  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  55.06 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1581  hypothetical protein  56.63 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.89904  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4335  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.827532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  52.81 
 
 		 93 aa  100  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  52.81 
 
 		 93 aa  100  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27820  hypothetical protein  53.41 
 
 		 95 aa  99  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4348  hypothetical protein  51.19 
 
 		 93 aa  98.2  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 93 aa  98.2  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0118  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 94 aa  97.8  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3517  XRE family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 93 aa  98.2  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1039  hypothetical protein  51.19 
 
 		 93 aa  97.8  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3840  hypothetical protein  53.01 
 
 		 93 aa  94.4  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12776  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  53.09 
 
 		 89 aa  92.8  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  43.33 
 
 		 95 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  42.68 
 
 		 96 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  42.68 
 
 		 96 aa  77.8  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3970  transcriptional regulator  56.25 
 
 		 72 aa  77  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  47.89 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1558  hypothetical protein  36.9 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101581 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  34.57 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 		 94 aa  58.2  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0293  hypothetical protein  36.71 
 
 		 107 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000404115  normal  0.251611 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0276  Cro/CI family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 107 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000123998 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4385  hypothetical protein  32.04 
 
 		 112 aa  50.4  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 112 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7058  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 104 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1141  hypothetical protein  33.33 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.328884  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0402  hypothetical protein  33.33 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.782427  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4189  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4297  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4238  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 113 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4132  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 113 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0723  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 110 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.474185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3975  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 110 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_002978  WD1304  hypothetical protein  31.08 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0120517  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1887  hypothetical protein  46.15 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0483  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0935  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.438859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2380  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0994  hypothetical protein  41.51 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2260  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237375  normal  0.775485 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4450  XRE family transcriptional regulator  27 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 111 aa  40.8  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_002978  WD0931  hypothetical protein  30.88 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0970466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>