42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3970 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3970  transcriptional regulator  100 
 
 		 72 aa  145  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1581  hypothetical protein  81.94 
 
 		 94 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.89904  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2102  hypothetical protein  54.93 
 
 		 93 aa  78.6  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0118  XRE family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 94 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  57.81 
 
 		 89 aa  77  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  56.25 
 
 		 103 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4335  XRE family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 93 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.827532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3840  hypothetical protein  49.25 
 
 		 93 aa  75.5  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12776  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3517  XRE family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 93 aa  74.7  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1109  transcriptional regulator, XRE family  52.11 
 
 		 93 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4348  hypothetical protein  52.11 
 
 		 93 aa  74.3  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1039  hypothetical protein  47.89 
 
 		 93 aa  73.9  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 93 aa  68.2  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  45.07 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27820  hypothetical protein  50.79 
 
 		 95 aa  61.2  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  43.84 
 
 		 92 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  40.62 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  40.62 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 111 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1558  hypothetical protein  42.19 
 
 		 95 aa  52.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101581 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 115 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1887  hypothetical protein  47.83 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2804  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 117 aa  45.4  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 106 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4385  hypothetical protein  32.81 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0766  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135908  normal  0.0218259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0276  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000123998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0293  hypothetical protein  34.43 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000404115  normal  0.251611 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3745  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0603031  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3587  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400871  normal  0.443277 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0843  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.107177  normal  0.529462 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0483  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 112 aa  40.8  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 111 aa  40  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>