40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0293 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0293  hypothetical protein  100 
 
 		 107 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000404115  normal  0.251611 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0276  Cro/CI family transcriptional regulator  99.07 
 
 		 107 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000123998 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0483  transcriptional regulator, XRE family  65.56 
 
 		 105 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  34.41 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  36.14 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  40.28 
 
 		 92 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0917  XRE family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 109 aa  57  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 93 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 89 aa  52.8  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4335  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.827532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  36.71 
 
 		 103 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4385  hypothetical protein  34.18 
 
 		 112 aa  51.2  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  37.21 
 
 		 95 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1581  hypothetical protein  37.33 
 
 		 94 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.89904  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3840  hypothetical protein  34.94 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12776  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4189  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4297  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4132  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4238  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 113 aa  46.2  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0723  transcriptional regulator, XRE family  31.65 
 
 		 110 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.474185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3975  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 110 aa  45.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1109  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 93 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1304  hypothetical protein  34.85 
 
 		 98 aa  44.3  0.0005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0120517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  28.95 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3517  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 93 aa  43.9  0.0008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3970  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 72 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0994  hypothetical protein  34.72 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0118  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2102  hypothetical protein  34.94 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1039  hypothetical protein  32.93 
 
 		 93 aa  42  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 112 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 111 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>