56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4303 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 106 aa  212  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0935  XRE family transcriptional regulator  62.26 
 
 		 107 aa  142  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.438859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2380  XRE family transcriptional regulator  61.32 
 
 		 107 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3340  Fis family transcriptional regulator  63.55 
 
 		 115 aa  126  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220976  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2260  XRE family transcriptional regulator  65.91 
 
 		 91 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237375  normal  0.775485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1383  hypothetical protein  59.18 
 
 		 102 aa  122  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  50.48 
 
 		 109 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2510  XRE family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 109 aa  104  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.782316  normal  0.106202 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1883  XRE family transcriptional regulator  49.52 
 
 		 109 aa  100  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.393297  normal  0.613719 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  94.7  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 111 aa  88.2  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0843  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 112 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.107177  normal  0.529462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0766  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 111 aa  84.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135908  normal  0.0218259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 111 aa  81.6  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  39.6 
 
 		 115 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3587  XRE family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400871  normal  0.443277 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3843  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 112 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0917  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 109 aa  76.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4350  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 116 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.149583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3745  XRE family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 106 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0603031  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1135  transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 114 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00125994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0069  XRE family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 112 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00141281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2804  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4541  transcriptional regulator  31.63 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  1  normal  0.800191 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3690  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 108 aa  62.8  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1046  hypothetical protein  36.25 
 
 		 277 aa  60.5  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2925  hypothetical protein  31.87 
 
 		 106 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0944333  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  33.72 
 
 		 95 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7058  transcriptional regulator, XRE family  36.78 
 
 		 104 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  35.82 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  35.82 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0997  hypothetical protein  28.74 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0731  hypothetical protein  27.91 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0267154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  29.07 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1581  hypothetical protein  33.78 
 
 		 94 aa  47.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.89904  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_002978  WD1304  hypothetical protein  29.89 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0120517  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3970  transcriptional regulator  32.39 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0795  hypothetical protein  32.88 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0281  hypothetical protein  32.88 
 
 		 108 aa  43.9  0.0007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0931  hypothetical protein  33.85 
 
 		 91 aa  43.5  0.0009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0970466  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0723  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.474185 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  32.53 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3975  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3517  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0483  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 105 aa  42  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3466  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1039  hypothetical protein  34.48 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  25.32 
 
 		 92 aa  41.2  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2102  hypothetical protein  34.78 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>