More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2092 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  593  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  70.03 
 
 		 297 aa  397  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 299 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 312 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 312 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 312 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 292 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2465  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 423 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.45 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 332 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 303 aa  92.4  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 300 aa  90.9  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 300 aa  90.9  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 320 aa  90.1  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 283 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  30.86 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 283 aa  89  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  23.61 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 286 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  26.58 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.69 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 306 aa  87  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2377  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 294 aa  86.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  26 
 
 		 285 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 311 aa  86.3  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 320 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.17 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>