More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003025 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00641  ABC oligopeptide transporter periplasmic component  58.22 
 
 		 609 aa  745    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001852  ABC-type dipeptide transport system component  57.83 
 
 		 608 aa  737    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02855  hypothetical protein  86.11 
 
 		 615 aa  1126    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0869  extracellular solute-binding protein  57.35 
 
 		 626 aa  736    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003025  ABC-type dipeptide transport system component  100 
 
 		 612 aa  1271    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.561815  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0942  extracellular solute-binding protein  38.58 
 
 		 621 aa  449  1e-125  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0985  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  33.5 
 
 		 645 aa  292  1e-77  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00011806  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1853  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 		 734 aa  277  4e-73  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0988  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  29.6 
 
 		 647 aa  251  2e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.356739  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1685  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 668 aa  219  2e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0732988  normal  0.758738 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 		 633 aa  117  5e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  20.72 
 
 		 609 aa  111  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 638 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  20.77 
 
 		 597 aa  104  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  24.28 
 
 		 619 aa  97.8  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  22.96 
 
 		 540 aa  97.1  8e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 622 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.08 
 
 		 539 aa  95.9  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  24.24 
 
 		 540 aa  95.1  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  21.55 
 
 		 607 aa  95.1  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  21.54 
 
 		 615 aa  94.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  20.2 
 
 		 615 aa  94.4  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  19.44 
 
 		 638 aa  93.6  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  20.83 
 
 		 626 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 528 aa  92.4  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  22.08 
 
 		 559 aa  92.8  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  19.93 
 
 		 610 aa  92  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  20.29 
 
 		 600 aa  91.7  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  20.45 
 
 		 611 aa  90.1  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  21.95 
 
 		 546 aa  89  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.01 
 
 		 524 aa  88.6  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  21.01 
 
 		 626 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 508 aa  88.6  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  22.25 
 
 		 551 aa  88.2  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  20.32 
 
 		 670 aa  88.2  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  20.81 
 
 		 622 aa  87.8  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  21.58 
 
 		 554 aa  87.8  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  23.32 
 
 		 626 aa  87  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  21.76 
 
 		 622 aa  87  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  20.75 
 
 		 615 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  20.08 
 
 		 617 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  25.18 
 
 		 589 aa  87  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2847  extracellular solute-binding protein  21.22 
 
 		 623 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.6 
 
 		 615 aa  85.5  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  20.12 
 
 		 622 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.6 
 
 		 616 aa  85.1  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 		 565 aa  85.1  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  21.29 
 
 		 602 aa  84.7  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  21.22 
 
 		 626 aa  85.1  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  23.76 
 
 		 532 aa  84.3  0.000000000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  21.93 
 
 		 533 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 		 551 aa  84.3  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.31 
 
 		 611 aa  84  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.7 
 
 		 531 aa  84  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  21.96 
 
 		 534 aa  84  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.35 
 
 		 538 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  24.42 
 
 		 607 aa  83.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  21.94 
 
 		 626 aa  83.2  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  21.46 
 
 		 562 aa  83.2  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  24.42 
 
 		 607 aa  83.2  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  21.64 
 
 		 592 aa  83.6  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  21.6 
 
 		 560 aa  82.4  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.66 
 
 		 528 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.87 
 
 		 588 aa  82.8  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  20.19 
 
 		 602 aa  82.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 538 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  21.32 
 
 		 659 aa  82.4  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  21 
 
 		 621 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  27.12 
 
 		 572 aa  82  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  22.15 
 
 		 628 aa  82  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.1 
 
 		 528 aa  81.3  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  23.87 
 
 		 589 aa  81.6  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  22.64 
 
 		 631 aa  81.6  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0892  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 604 aa  81.6  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  21.49 
 
 		 560 aa  81.3  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.46 
 
 		 529 aa  81.3  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 		 600 aa  80.9  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.72 
 
 		 614 aa  80.9  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  20.72 
 
 		 599 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  19.8 
 
 		 611 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0914  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 604 aa  80.5  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  20.32 
 
 		 609 aa  80.5  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2552  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 		 616 aa  80.5  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.437338  normal  0.0565568 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 539 aa  80.5  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 632 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 615 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  20.24 
 
 		 609 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  19.02 
 
 		 627 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  19.66 
 
 		 611 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  21.79 
 
 		 564 aa  79.3  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 544 aa  78.6  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2788  extracellular solute-binding protein  19.8 
 
 		 640 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0852598  normal  0.110267 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  23.92 
 
 		 589 aa  78.6  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  21.6 
 
 		 617 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  20.82 
 
 		 609 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 588 aa  78.6  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  20.57 
 
 		 621 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  21.33 
 
 		 576 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  19.39 
 
 		 611 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 527 aa  78.2  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>