More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000283 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000283  transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05843  transcriptional regulator  66.21 
 
 		 303 aa  404  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  23.91 
 
 		 296 aa  94.7  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000752  transcriptional regulator  24.91 
 
 		 276 aa  89  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00374891  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  23.67 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  25.33 
 
 		 341 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  30.19 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  26.94 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.26 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 308 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 327 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  29.56 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0579  putative LysR-like regular protein  29.1 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.408916  normal  0.164447 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  27.16 
 
 		 321 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  25.48 
 
 		 313 aa  65.5  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.29 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  29.56 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 329 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.81 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.45 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2605  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 264 aa  62.4  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182093  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  29.01 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 314 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  27.16 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 326 aa  59.7  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  24.3 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  23.9 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 321 aa  58.9  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 320 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 345 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 320 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  58.9  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  25.93 
 
 		 324 aa  58.5  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4413  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163519  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2687  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  25.57 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 301 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 317 aa  57  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 295 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>