More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1708 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1708  pseudouridine synthase  100 
 
 		 300 aa  627  1e-178  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.104417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2728  pseudouridine synthase  43.15 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3679  RNA pseudouridine synthase family protein  41.99 
 
 		 318 aa  232  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2547  pseudouridine synthase  41.14 
 
 		 287 aa  232  6e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3153  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 283 aa  230  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.79077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1515  pseudouridine synthase  45.66 
 
 		 282 aa  228  8e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0787  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 267 aa  195  8.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 281 aa  143  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 315 aa  99  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  30.39 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.58 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  25.24 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.18 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  36.81 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  29.32 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  32.24 
 
 		 303 aa  94  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 235 aa  94  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 306 aa  92.8  6e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  30.43 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  29.27 
 
 		 327 aa  92  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1209  pseudouridine synthase, RluA family  28.72 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  33 
 
 		 520 aa  90.9  2e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  27.62 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  26.6 
 
 		 525 aa  90.5  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.5 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.22 
 
 		 285 aa  89.7  5e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.71 
 
 		 333 aa  89.4  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  40.27 
 
 		 297 aa  89.4  8e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  35.29 
 
 		 326 aa  89  8e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  26.76 
 
 		 344 aa  89  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  34.76 
 
 		 283 aa  89  9e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.72 
 
 		 337 aa  88.6  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1893  disulfide isomerase  34.27 
 
 		 307 aa  87.4  2e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.13 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  32.84 
 
 		 229 aa  87.8  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  32.71 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  32.97 
 
 		 269 aa  87  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  30.91 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  28.85 
 
 		 319 aa  86.7  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  27.88 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  27.27 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  27.88 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  35.2 
 
 		 347 aa  86.7  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  26.41 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1120  putative prophage LambdaCh01, recombination protein Bet  33.52 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  35.03 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  25.41 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  30.22 
 
 		 325 aa  86.3  6e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1521  RluA family pseudouridine synthase  34.12 
 
 		 290 aa  85.9  7e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  35.39 
 
 		 339 aa  85.9  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.21 
 
 		 330 aa  85.5  9e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.814185  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  32.84 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.2 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.41 
 
 		 227 aa  85.1  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.39 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  33.89 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  28.67 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1158  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.74 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.99 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1387  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.07 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  28.46 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  28.72 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  26.42 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  30.37 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.36 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  27.56 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  31.36 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  30.22 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  26.53 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  26.78 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  31.28 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  24.91 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.42 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  27.65 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  26.99 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  30.45 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  26.53 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.77 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  30 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  33.7 
 
 		 547 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  33.87 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  32.12 
 
 		 217 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  27.78 
 
 		 344 aa  82.4  0.000000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1938  pseudouridine synthase  29.9 
 
 		 273 aa  82.4  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.153319  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1904  pseudouridine synthase  29.9 
 
 		 273 aa  82.4  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.014884  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30.53 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  28.4 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.1 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  27.47 
 
 		 326 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  29.34 
 
 		 526 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1962  RluA family pseudouridine synthase  30.13 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000134652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>