More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1542 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 327 aa  648    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.67 
 
 		 334 aa  227  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  40.42 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  40.42 
 
 		 337 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  37.88 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  36.67 
 
 		 336 aa  202  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  37.58 
 
 		 336 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  38.42 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  38.89 
 
 		 342 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.61 
 
 		 368 aa  188  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  39.12 
 
 		 342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.45 
 
 		 339 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  38.6 
 
 		 342 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38.81 
 
 		 330 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  38.35 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  32.88 
 
 		 377 aa  176  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  38.6 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  38.6 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  38.6 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  37.65 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  39.34 
 
 		 328 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.45 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  38.42 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  35.82 
 
 		 328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  36.25 
 
 		 328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  35.82 
 
 		 328 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  36.94 
 
 		 328 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  36.94 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.12 
 
 		 328 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.39 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.77 
 
 		 337 aa  159  7e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  37.28 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  35.24 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  29.04 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  35.03 
 
 		 379 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.36 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  36.44 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  36.71 
 
 		 331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.19 
 
 		 331 aa  153  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.39 
 
 		 360 aa  153  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.02 
 
 		 351 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  36.66 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  39.82 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  35.96 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  33.24 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  42.17 
 
 		 321 aa  146  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  37.5 
 
 		 320 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.17 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 		 344 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 		 344 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 		 344 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 		 344 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 		 344 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 		 344 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  38.12 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.34 
 
 		 357 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  34.91 
 
 		 349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  38.94 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  36.91 
 
 		 373 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  34.92 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  39.15 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  39.15 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  32.58 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  33.9 
 
 		 336 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  33.9 
 
 		 336 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  34.4 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.67 
 
 		 336 aa  126  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  38.42 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.75 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.68 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.84 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.04 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  34.43 
 
 		 374 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  29.07 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.3 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  36.95 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  35.88 
 
 		 343 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.82 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  30.92 
 
 		 320 aa  119  9e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.82 
 
 		 318 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  37.05 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  34.4 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.43 
 
 		 363 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.82 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  47.13 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  33.77 
 
 		 323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  32.45 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.19 
 
 		 334 aa  116  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  36.25 
 
 		 323 aa  116  6e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.92 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.16 
 
 		 326 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  32.37 
 
 		 325 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.32 
 
 		 318 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  32.99 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.87 
 
 		 570 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.33 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  42.86 
 
 		 373 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.8 
 
 		 343 aa  113  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>