More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_0015 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_0015  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 334 aa  674    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0408966  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0015  tRNA-dihydrouridine synthase A  82.04 
 
 		 331 aa  543  1e-153  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00141  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.16 
 
 		 334 aa  514  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00141  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.68 
 
 		 333 aa  441  1e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00872968 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.95 
 
 		 335 aa  435  1e-121  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.385799  normal  0.966125 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1341  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.95 
 
 		 335 aa  437  1e-121  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0014  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.65 
 
 		 334 aa  398  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.11 
 
 		 334 aa  392  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0438823  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.02 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0398323  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.55 
 
 		 334 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0765637  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.88 
 
 		 343 aa  353  2.9999999999999997e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.27 
 
 		 331 aa  333  2e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.27 
 
 		 331 aa  331  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.59 
 
 		 344 aa  329  3e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 343 aa  323  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.69 
 
 		 334 aa  322  7e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.53 
 
 		 339 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.53 
 
 		 339 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.64 
 
 		 328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.26 
 
 		 337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.53 
 
 		 339 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.37 
 
 		 335 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.45 
 
 		 340 aa  318  7.999999999999999e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.45 
 
 		 340 aa  318  7.999999999999999e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.21 
 
 		 335 aa  317  1e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.53 
 
 		 339 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.06 
 
 		 340 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.84 
 
 		 326 aa  317  2e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.37 
 
 		 327 aa  317  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.47 
 
 		 329 aa  317  3e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.07 
 
 		 331 aa  315  8e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  49.39 
 
 		 339 aa  315  8e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  51.09 
 
 		 345 aa  315  9e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  52.56 
 
 		 376 aa  313  1.9999999999999998e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.77 
 
 		 336 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.77 
 
 		 353 aa  310  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.37 
 
 		 331 aa  308  8e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.37 
 
 		 327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.05 
 
 		 330 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.19 
 
 		 349 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.77 
 
 		 337 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.45 
 
 		 331 aa  305  5.0000000000000004e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.37 
 
 		 335 aa  305  6e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0852  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.33 
 
 		 326 aa  305  9.000000000000001e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00194656  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.83 
 
 		 335 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.56 
 
 		 345 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.14 
 
 		 360 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.62 
 
 		 331 aa  301  7.000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.06 
 
 		 347 aa  300  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.35 
 
 		 342 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  49.06 
 
 		 345 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.06 
 
 		 347 aa  300  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.42 
 
 		 313 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  49.84 
 
 		 341 aa  300  3e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.06 
 
 		 339 aa  300  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.06 
 
 		 347 aa  300  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 343 aa  299  4e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.06 
 
 		 345 aa  299  6e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.06 
 
 		 345 aa  299  6e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  49.06 
 
 		 345 aa  299  6e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.87 
 
 		 333 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.52 
 
 		 333 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.69 
 
 		 346 aa  296  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  52.23 
 
 		 335 aa  296  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.44 
 
 		 338 aa  296  3e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.74 
 
 		 345 aa  296  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.26 
 
 		 349 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  50.96 
 
 		 335 aa  295  9e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.98 
 
 		 332 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.76 
 
 		 340 aa  295  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.38 
 
 		 332 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.98 
 
 		 332 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.63 
 
 		 336 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.31 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.98 
 
 		 332 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  48.6 
 
 		 336 aa  293  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.08 
 
 		 327 aa  294  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0970  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.46 
 
 		 353 aa  294  2e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.5228  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.65 
 
 		 345 aa  292  6e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.8 
 
 		 345 aa  292  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.15 
 
 		 318 aa  291  8e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.87 
 
 		 340 aa  291  9e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.65 
 
 		 345 aa  291  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.82 
 
 		 330 aa  291  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.48 
 
 		 335 aa  290  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.65 
 
 		 345 aa  290  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1043  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.15 
 
 		 328 aa  290  2e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.648641  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.57 
 
 		 340 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.21 
 
 		 330 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.12 
 
 		 330 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.08 
 
 		 348 aa  289  4e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 329 aa  289  6e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.55 
 
 		 357 aa  288  8e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.24 
 
 		 336 aa  288  1e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.42 
 
 		 332 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.53 
 
 		 337 aa  286  4e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.27 
 
 		 328 aa  286  4e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.81 
 
 		 339 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.8 
 
 		 336 aa  285  5e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  46.91 
 
 		 315 aa  285  5.999999999999999e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>