More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_00141 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008820  P9303_00141  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 334 aa  687    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0015  tRNA-dihydrouridine synthase A  76.78 
 
 		 331 aa  504  9.999999999999999e-143  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0015  tRNA-dihydrouridine synthase A  74.16 
 
 		 334 aa  501  1e-141  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0408966  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00141  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.87 
 
 		 333 aa  463  1e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00872968 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1341  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.44 
 
 		 335 aa  444  1e-123  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.06 
 
 		 335 aa  444  1e-123  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.385799  normal  0.966125 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0014  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.13 
 
 		 334 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.37 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0765637  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  52 
 
 		 334 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0398323  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.15 
 
 		 334 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0438823  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.04 
 
 		 343 aa  347  1e-94  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.84 
 
 		 331 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.84 
 
 		 331 aa  318  7e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.32 
 
 		 326 aa  316  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 335 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.68 
 
 		 339 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.68 
 
 		 339 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.68 
 
 		 334 aa  311  1e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.68 
 
 		 339 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.68 
 
 		 339 aa  309  5e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.05 
 
 		 343 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.33 
 
 		 340 aa  308  8e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  50.16 
 
 		 376 aa  306  3e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.05 
 
 		 335 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  48.02 
 
 		 339 aa  303  2.0000000000000002e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 353 aa  303  2.0000000000000002e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.42 
 
 		 328 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 336 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.91 
 
 		 332 aa  302  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.43 
 
 		 327 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.91 
 
 		 332 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.91 
 
 		 332 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.91 
 
 		 332 aa  301  8.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.1 
 
 		 329 aa  301  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.23 
 
 		 344 aa  301  1e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.19 
 
 		 349 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.48 
 
 		 337 aa  300  2e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.91 
 
 		 331 aa  298  6e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.72 
 
 		 345 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  47.58 
 
 		 345 aa  296  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.58 
 
 		 347 aa  297  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.58 
 
 		 339 aa  296  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.58 
 
 		 347 aa  297  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  48.9 
 
 		 345 aa  297  2e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.58 
 
 		 345 aa  296  3e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  47.58 
 
 		 345 aa  296  3e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.58 
 
 		 345 aa  296  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.58 
 
 		 347 aa  295  5e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.3 
 
 		 330 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.72 
 
 		 345 aa  295  9e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.73 
 
 		 331 aa  294  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.16 
 
 		 349 aa  294  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.72 
 
 		 337 aa  293  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.19 
 
 		 360 aa  292  7e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1275  TIM-barrel protein, yjbN family  50.64 
 
 		 329 aa  291  7e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.6 
 
 		 340 aa  291  8e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1420  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.33 
 
 		 329 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.35 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  47.35 
 
 		 336 aa  290  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.3 
 
 		 327 aa  290  2e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  48.06 
 
 		 341 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.91 
 
 		 331 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0048  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.86 
 
 		 328 aa  290  3e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.56 
 
 		 327 aa  289  4e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  49.37 
 
 		 335 aa  289  4e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.86 
 
 		 345 aa  289  4e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.28 
 
 		 332 aa  288  6e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.95 
 
 		 330 aa  289  6e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.38 
 
 		 340 aa  288  7e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0852  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.84 
 
 		 326 aa  288  7e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00194656  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.02 
 
 		 340 aa  287  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.4 
 
 		 330 aa  288  1e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.02 
 
 		 340 aa  287  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.67 
 
 		 331 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1200  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.63 
 
 		 346 aa  287  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.3 
 
 		 345 aa  286  2.9999999999999996e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.31 
 
 		 348 aa  286  4e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.78 
 
 		 331 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.3 
 
 		 345 aa  285  5.999999999999999e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.96 
 
 		 340 aa  285  9e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.3 
 
 		 345 aa  285  9e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.55 
 
 		 318 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.08 
 
 		 333 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.98 
 
 		 336 aa  283  3.0000000000000004e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.6 
 
 		 334 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.63 
 
 		 332 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.28 
 
 		 342 aa  281  8.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.6 
 
 		 337 aa  281  9e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.52 
 
 		 330 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.77 
 
 		 333 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.58 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.28 
 
 		 335 aa  280  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.86 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.11 
 
 		 338 aa  280  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.24 
 
 		 313 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  49.06 
 
 		 344 aa  279  4e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  46.04 
 
 		 336 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  48.41 
 
 		 335 aa  279  6e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  47 
 
 		 339 aa  278  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.33 
 
 		 335 aa  278  9e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>