More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9301_00131 on replicon NC_009091
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9301



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009091  P9301_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 334 aa  687    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0438823  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  92.22 
 
 		 334 aa  637    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0765637  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0014  tRNA-dihydrouridine synthase A  88.32 
 
 		 334 aa  618  1e-176  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  80.24 
 
 		 334 aa  565  1e-160  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0398323  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00131  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.63 
 
 		 335 aa  401  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.385799  normal  0.966125 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1341  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.02 
 
 		 335 aa  398  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00141  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.15 
 
 		 334 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0015  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.11 
 
 		 334 aa  377  1e-103  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0408966  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00141  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.13 
 
 		 333 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00872968 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0015  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.55 
 
 		 331 aa  370  1e-101  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  47.38 
 
 		 343 aa  352  4e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.82 
 
 		 331 aa  332  4e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.48 
 
 		 331 aa  332  8e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  46.1 
 
 		 376 aa  322  4e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.48 
 
 		 345 aa  310  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.07 
 
 		 360 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.67 
 
 		 334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.44 
 
 		 335 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.77 
 
 		 339 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.67 
 
 		 326 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.77 
 
 		 339 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.77 
 
 		 339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.77 
 
 		 339 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.67 
 
 		 335 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.35 
 
 		 343 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  45.45 
 
 		 327 aa  300  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.87 
 
 		 328 aa  299  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.72 
 
 		 336 aa  300  3e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.77 
 
 		 327 aa  299  4e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.3 
 
 		 331 aa  299  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.35 
 
 		 340 aa  299  5e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  42.17 
 
 		 345 aa  297  2e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.11 
 
 		 327 aa  297  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.12 
 
 		 344 aa  296  2e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.59 
 
 		 338 aa  296  3e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.94 
 
 		 349 aa  294  1e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.19 
 
 		 337 aa  295  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.9 
 
 		 349 aa  294  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.64 
 
 		 337 aa  294  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  41.53 
 
 		 339 aa  293  3e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.16 
 
 		 331 aa  293  4e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.03 
 
 		 339 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.99 
 
 		 329 aa  291  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1420  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.1 
 
 		 329 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.42 
 
 		 340 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.77 
 
 		 329 aa  290  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.58 
 
 		 331 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.55 
 
 		 342 aa  288  8e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  41.19 
 
 		 335 aa  288  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.01 
 
 		 348 aa  286  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.62 
 
 		 336 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.07 
 
 		 330 aa  286  4e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.77 
 
 		 353 aa  286  4e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.44 
 
 		 331 aa  286  5e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.3 
 
 		 336 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.24 
 
 		 336 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.01 
 
 		 333 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  43.61 
 
 		 336 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.45 
 
 		 340 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.45 
 
 		 335 aa  283  4.0000000000000003e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  39.94 
 
 		 330 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.59 
 
 		 333 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.16 
 
 		 318 aa  282  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.51 
 
 		 343 aa  281  8.000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.57 
 
 		 334 aa  281  9e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.52 
 
 		 340 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.52 
 
 		 340 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.93 
 
 		 331 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  43.09 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.24 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.81 
 
 		 336 aa  281  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  44.59 
 
 		 321 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.69 
 
 		 346 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.1 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.51 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.51 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.51 
 
 		 341 aa  279  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.51 
 
 		 332 aa  279  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.51 
 
 		 332 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.88 
 
 		 339 aa  279  4e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  42.86 
 
 		 333 aa  279  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.65 
 
 		 345 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  43.23 
 
 		 341 aa  279  6e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.62 
 
 		 335 aa  278  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.91 
 
 		 339 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.91 
 
 		 339 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.91 
 
 		 339 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.91 
 
 		 442 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.91 
 
 		 339 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.91 
 
 		 339 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.32 
 
 		 330 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2512  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.59 
 
 		 338 aa  277  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0272244 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.91 
 
 		 436 aa  277  2e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1043  tRNA-dihydrouridine synthase A  42.28 
 
 		 328 aa  276  2e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.648641  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0970  tRNA-dihydrouridine synthase A  43.85 
 
 		 353 aa  277  2e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.5228  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2153  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.27 
 
 		 344 aa  276  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  41.89 
 
 		 332 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.25 
 
 		 339 aa  276  5e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.25 
 
 		 347 aa  275  6e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  40.25 
 
 		 347 aa  275  6e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>