More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0942 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0942  pseudouridine synthase  100 
 
 		 202 aa  420  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0290973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0843  RNA pseudouridine synthase family protein  80.75 
 
 		 218 aa  317  5e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.626046  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1154  RNA pseudouridine synthase family protein  75 
 
 		 209 aa  295  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0759  pseudouridine synthase  70.21 
 
 		 197 aa  277  6e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0814  pseudouridine synthase  70.79 
 
 		 182 aa  265  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.572557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0077  pseudouridine synthase  65.03 
 
 		 190 aa  254  7e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10398  RNA pseudouridine synthase family protein  58.06 
 
 		 195 aa  224  9e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0522  pseudouridine synthase  49.46 
 
 		 198 aa  158  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0677  pseudouridine synthase  43.58 
 
 		 194 aa  153  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  45.26 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  43.68 
 
 		 188 aa  138  6e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  42.16 
 
 		 195 aa  137  1e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  42.37 
 
 		 185 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.71 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.77 
 
 		 201 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 202 aa  132  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.93 
 
 		 216 aa  132  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  41.08 
 
 		 195 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 189 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 270 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1578  pseudouridine synthase  41.86 
 
 		 188 aa  128  7.000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.587542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 282 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  42.13 
 
 		 204 aa  127  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  44.57 
 
 		 180 aa  127  8.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 282 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 282 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0242  pseudouridine synthase  44.19 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  42.53 
 
 		 270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  42.77 
 
 		 200 aa  126  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03272  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.02 
 
 		 200 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  43.79 
 
 		 189 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.44 
 
 		 180 aa  125  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  38.73 
 
 		 176 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  43.1 
 
 		 210 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  42.31 
 
 		 264 aa  125  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  40.7 
 
 		 189 aa  124  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  41.86 
 
 		 220 aa  124  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  39.56 
 
 		 201 aa  124  7e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  40.46 
 
 		 265 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  41.62 
 
 		 200 aa  123  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  40.46 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  40.46 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  37.89 
 
 		 229 aa  122  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.86 
 
 		 180 aa  122  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.78 
 
 		 215 aa  121  7e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  41.95 
 
 		 210 aa  120  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  42.44 
 
 		 211 aa  121  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  38.15 
 
 		 236 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  37.65 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 180 aa  120  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.24 
 
 		 257 aa  120  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1605  pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 195 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269672  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  38.79 
 
 		 230 aa  119  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  42.94 
 
 		 192 aa  119  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 178 aa  119  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  41.38 
 
 		 235 aa  119  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44 
 
 		 177 aa  119  3e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  37.57 
 
 		 244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.15 
 
 		 210 aa  118  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  39.88 
 
 		 242 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5857  pseudouridine synthase, Rsu  42.6 
 
 		 192 aa  117  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.833933  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  38.78 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  41.38 
 
 		 208 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  42.6 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.79 
 
 		 208 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  41.04 
 
 		 212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.28 
 
 		 206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  41.14 
 
 		 176 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  38.27 
 
 		 217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  38.78 
 
 		 215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2573  pseudouridine synthase, Rsu  43.2 
 
 		 192 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  39.79 
 
 		 208 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  38.27 
 
 		 207 aa  116  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  38.27 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  38.27 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  37.23 
 
 		 204 aa  115  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  38.27 
 
 		 217 aa  115  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  40.12 
 
 		 210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  36.7 
 
 		 204 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  40.46 
 
 		 212 aa  115  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4995  pseudouridine synthase  38.92 
 
 		 212 aa  115  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000878129  normal  0.0980616 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  39.31 
 
 		 180 aa  115  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0685  RNA pseudouridine synthase family protein  43.2 
 
 		 192 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214118  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0758  pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 192 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0329789  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0954  RNA pseudouridine synthase family protein  43.2 
 
 		 192 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0134  RNA pseudouridine synthase family protein  43.2 
 
 		 192 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  40.12 
 
 		 209 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0958  RNA pseudouridine synthase family protein  43.2 
 
 		 192 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0485  pseudouridine synthase family protein  43.2 
 
 		 235 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1107  pseudouridine synthase family protein  43.2 
 
 		 235 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000232498  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1014  RNA pseudouridine synthase family protein  43.2 
 
 		 235 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  37.71 
 
 		 217 aa  114  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.62 
 
 		 191 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2444  pseudouridine synthase  42.6 
 
 		 192 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000696433 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  41.18 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>