More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0385 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0385  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  588  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0770  LysR family transcriptional regulator  65.02 
 
 		 300 aa  384  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0236  LysR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 305 aa  348  5e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.859767 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1672  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127951  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0940  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 317 aa  186  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  30.32 
 
 		 291 aa  152  8e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0448  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01722  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 303 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  31.08 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 303 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  31.19 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4797  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 331 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0282773  hitchhiker  0.00000720419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1864  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.708451  normal  0.0358907 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3740  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1332  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1371  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.760659 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4285  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.300927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3714  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 319 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4214  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.383155 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 318 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  32.13 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1681  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446962  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  29.08 
 
 		 330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1679  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5074  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.119711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2624  transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0210848  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1469  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0936  transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.434313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1855  transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0750  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.63163  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0944  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0412  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1701  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.672113  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  30.9 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  32.31 
 
 		 355 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5752  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.515576 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  29.08 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4041  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 298 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5996  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178343  normal  0.48899 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4325  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6676  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.454387  normal  0.341133 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5833  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6200  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503075 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3196  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  28.99 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 313 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 349 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2722  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771142  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>