More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4147 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4147  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 331 aa  659    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.277047  normal  0.903101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 382 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 344 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  31.68 
 
 		 354 aa  93.2  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 360 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 347 aa  91.3  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 347 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 336 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 336 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 345 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2932  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 353 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3231  helix-turn-helix domain-containing protein  44.68 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.566106  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 389 aa  86.7  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 340 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 345 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 345 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 345 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 364 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  41.41 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  41.41 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 364 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 330 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 398 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  50.67 
 
 		 365 aa  84  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2601  putative transcriptional regulator  40.86 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0251856 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1531  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00128514  unclonable  0.000000000084673 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  44.68 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  44.58 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1537  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  35.94 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  43.37 
 
 		 339 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 353 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2609  HTH-type transcriptional regulator VqsM  41.58 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1471  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  37.01 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 335 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2365  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000370263  hitchhiker  0.0000237936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 343 aa  80.9  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 359 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30620  AraC family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 342 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0924433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2159  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.802618  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  45.26 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  43.21 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  42.22 
 
 		 341 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  27.37 
 
 		 340 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  27.3 
 
 		 346 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  46.91 
 
 		 350 aa  79.3  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  43.88 
 
 		 362 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 347 aa  79  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 331 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 398 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 333 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  44 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 342 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4693  helix-turn-helix domain-containing protein  46.94 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.621446 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 357 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 346 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  43.02 
 
 		 337 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  48.15 
 
 		 351 aa  75.9  0.0000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 353 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  40.78 
 
 		 353 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 335 aa  75.9  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 353 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 386 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 339 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 341 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>