More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3062 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  100 
 
 
431 aa  887    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  61.34 
 
 
449 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.37 
 
 
410 aa  256  5e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.33 
 
 
408 aa  230  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.04 
 
 
408 aa  229  9e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  34.88 
 
 
452 aa  212  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.51 
 
 
448 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  33.9 
 
 
452 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  32.84 
 
 
452 aa  202  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  32.76 
 
 
438 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  31.48 
 
 
440 aa  195  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  33.33 
 
 
436 aa  183  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  34.99 
 
 
392 aa  182  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  32.84 
 
 
440 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.74 
 
 
443 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  32.83 
 
 
440 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  34.65 
 
 
417 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  33.75 
 
 
437 aa  179  8e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  33 
 
 
439 aa  173  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.25 
 
 
443 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.25 
 
 
443 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  31.3 
 
 
438 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  29.65 
 
 
454 aa  161  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.97 
 
 
430 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  30 
 
 
470 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  29.1 
 
 
422 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31 
 
 
380 aa  151  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  42 
 
 
484 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  32.08 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.48 
 
 
445 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.87 
 
 
417 aa  143  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.8 
 
 
434 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  27.18 
 
 
412 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.56 
 
 
433 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  30.69 
 
 
406 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  29.36 
 
 
437 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.02 
 
 
519 aa  134  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.16 
 
 
446 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  34.46 
 
 
492 aa  96.7  8e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  32.95 
 
 
334 aa  95.1  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_011700  PHATRDRAFT_50613  Tic55 component of chloroplast import machinery  32.95 
 
 
498 aa  94.4  3e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.55 
 
 
364 aa  93.2  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  41.48 
 
 
369 aa  92  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.43 
 
 
358 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26228  predicted protein  33.15 
 
 
668 aa  89.4  1e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.281249  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.88 
 
 
450 aa  89  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  33.92 
 
 
351 aa  88.6  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3307  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.26 
 
 
357 aa  87.8  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000352846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.47 
 
 
341 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  30.46 
 
 
340 aa  85.9  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.14 
 
 
353 aa  86.3  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0648  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.13 
 
 
361 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.149026 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0659  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.13 
 
 
361 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.210033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  26.55 
 
 
341 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0627  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.64 
 
 
361 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  31.98 
 
 
345 aa  84.3  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  33.1 
 
 
350 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  31.61 
 
 
342 aa  84.3  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.34 
 
 
338 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  27.67 
 
 
346 aa  83.6  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0795  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.5 
 
 
497 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.266613  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  27.79 
 
 
376 aa  82.4  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0769  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.82 
 
 
497 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  27.24 
 
 
315 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  32.67 
 
 
355 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0132  Rieske (2Fe-2S) protein  31.71 
 
 
343 aa  82  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0807  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.77 
 
 
331 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  32.09 
 
 
347 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  36.67 
 
 
349 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  34.66 
 
 
327 aa  80.9  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2516  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.01 
 
 
326 aa  80.9  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00793645  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1812  Rieske (2Fe-2S) region  28.5 
 
 
383 aa  80.5  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0372125 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3621  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.94 
 
 
377 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4419  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  32.21 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.257041  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40637  predicted protein  30.22 
 
 
510 aa  80.1  0.00000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  31.18 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.02 
 
 
374 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.93 
 
 
362 aa  79.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.79 
 
 
362 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  28.49 
 
 
366 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.65 
 
 
353 aa  78.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2687  Rieske (2Fe-2S) protein  34.55 
 
 
356 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2013  Rieske (2Fe-2S) family oxidoreductase large subunit  26.9 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0203  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.81 
 
 
406 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  31.46 
 
 
407 aa  78.6  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2074  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.57 
 
 
217 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.12491  normal  0.0463704 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0218  Rieske iron-sulfur protein 2Fe-2S subunit  26.4 
 
 
444 aa  77.4  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.163513  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08501  Rieske iron-sulfur protein 2Fe-2S subunit  26.4 
 
 
444 aa  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185666 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7085  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.81 
 
 
406 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.17 
 
 
359 aa  77.4  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5354  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.86 
 
 
370 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111829  normal  0.289416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3409  vanillate monooxygenase  30.17 
 
 
347 aa  77  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1389  putative oxygenase  31.79 
 
 
359 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  34.29 
 
 
356 aa  76.6  0.0000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2034  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.16 
 
 
400 aa  76.6  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.967449  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2500  Rieske (2Fe-2S) region  33.62 
 
 
359 aa  76.6  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.455012 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  29.55 
 
 
380 aa  76.6  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1464  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.55 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134829  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1220  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.55 
 
 
334 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0507919  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2607  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.55 
 
 
334 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>