More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2034 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2034  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
400 aa  833    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.967449  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4244  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.69 
 
 
352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4245  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.45 
 
 
371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.5 
 
 
373 aa  130  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.78 
 
 
337 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3567  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.53 
 
 
344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  29.57 
 
 
345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.43 
 
 
338 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3968  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.61 
 
 
360 aa  122  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0886212  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.31 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1389  putative oxygenase  27.54 
 
 
359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.36 
 
 
372 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  27.83 
 
 
351 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0807  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  28.57 
 
 
331 aa  110  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  25.85 
 
 
334 aa  104  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5685  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
353 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0319041  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1718  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.29 
 
 
357 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2037  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.3 
 
 
357 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.950553  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.68 
 
 
358 aa  97.1  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1096  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26 
 
 
357 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0810231  normal  0.184537 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.94 
 
 
388 aa  95.1  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  29.18 
 
 
327 aa  92.4  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1261  hypothetical protein  26.04 
 
 
340 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0803695 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.7 
 
 
353 aa  91.3  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2013  Rieske (2Fe-2S) family oxidoreductase large subunit  26.58 
 
 
348 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  25.45 
 
 
341 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  24.48 
 
 
347 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.91 
 
 
367 aa  87.8  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0436  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.23 
 
 
326 aa  87.8  3e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  28.61 
 
 
315 aa  87  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.98 
 
 
433 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1442  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.85 
 
 
324 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193123  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.85 
 
 
321 aa  86.3  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0113839  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.45 
 
 
341 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.41 
 
 
352 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  22.41 
 
 
352 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  22.41 
 
 
352 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  30.56 
 
 
370 aa  82.8  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1557  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.65 
 
 
450 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0276963  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  29.1 
 
 
492 aa  82.4  0.00000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1530  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.65 
 
 
450 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.76 
 
 
358 aa  80.5  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  23.91 
 
 
380 aa  80.1  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.15 
 
 
345 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0547  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.7 
 
 
324 aa  79.3  0.00000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000394367  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  35.66 
 
 
417 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1056  Rieske (2Fe-2S) region  28.63 
 
 
499 aa  78.6  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00144994  hitchhiker  0.000116875 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1303  Rieske (2Fe-2S) region  26.39 
 
 
443 aa  78.6  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.418357  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3119  vanillate monooxygenase  28.49 
 
 
358 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  34.62 
 
 
452 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  35.14 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  34.13 
 
 
363 aa  77.4  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.98 
 
 
353 aa  77  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3246  vanillate monooxygenase  32.48 
 
 
347 aa  77  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.546586  normal  0.604076 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  31.16 
 
 
431 aa  76.6  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.88 
 
 
448 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  32.47 
 
 
338 aa  76.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  27.76 
 
 
367 aa  75.9  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10960  ferridoxin oxidoreductase subunit  26.65 
 
 
370 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  32.18 
 
 
350 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5871  hypothetical protein  25.64 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.789532  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1241  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.5 
 
 
217 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.635525  normal  0.124818 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2074  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.61 
 
 
217 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.12491  normal  0.0463704 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  33.85 
 
 
452 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3416  vanillate monooxygenase  24.92 
 
 
342 aa  74.7  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0799476 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2081  hypothetical protein  26.46 
 
 
278 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119001 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2105  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  34.68 
 
 
332 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886658  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2244  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.68 
 
 
332 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.937061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  33.08 
 
 
452 aa  74.3  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2050  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  34.68 
 
 
332 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  30.39 
 
 
347 aa  73.6  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3574  Rieske (2Fe-2S) region  35.11 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1248  hypothetical protein  25.69 
 
 
284 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0789553 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5416  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  26.94 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.221202  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  36.04 
 
 
376 aa  73.6  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1535  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.76 
 
 
331 aa  73.2  0.000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  33.95 
 
 
353 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26228  predicted protein  30.39 
 
 
668 aa  73.2  0.000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.281249  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0222  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  31.17 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  31.45 
 
 
352 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  31.45 
 
 
353 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.45 
 
 
353 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0741  Rieske (2Fe-2S) protein  28 
 
 
382 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0606248 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.25 
 
 
353 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4257  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.96 
 
 
349 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.48 
 
 
350 aa  72.4  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3793  pheophorbide a oxygenase  34.19 
 
 
443 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.726  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.11 
 
 
408 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.95 
 
 
354 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2189  Pheophorbide a oxygenase  27.08 
 
 
474 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477289 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4346  pheophorbide a oxygenase  24.37 
 
 
465 aa  71.6  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.18517  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.23 
 
 
365 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.11 
 
 
408 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1130  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.04 
 
 
362 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0812255  normal  0.937672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  34.19 
 
 
362 aa  70.9  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.14 
 
 
359 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7105  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.2 
 
 
361 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.811582  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2958  pheophorbide a oxygenase  31.15 
 
 
442 aa  70.9  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0467803  n/a   
 
 
-
 
NC_011700  PHATRDRAFT_50613  Tic55 component of chloroplast import machinery  31.63 
 
 
498 aa  70.9  0.00000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.46 
 
 
380 aa  70.9  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>