More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1226 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1226  response regulator receiver protein  100 
 
 
150 aa  305  9e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915128  normal  0.471544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.09 
 
 
581 aa  100  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  45.69 
 
 
1427 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 
795 aa  98.6  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.8 
 
 
888 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.04 
 
 
1076 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.64 
 
 
943 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.61 
 
 
1426 aa  94.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 
662 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.8 
 
 
814 aa  94  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.54 
 
 
703 aa  94  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 
821 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.12 
 
 
899 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.1 
 
 
783 aa  92  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 
809 aa  92  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  45.1 
 
 
783 aa  92  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.17 
 
 
944 aa  92  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.1 
 
 
727 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 
946 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 
822 aa  89  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  40.87 
 
 
1299 aa  89  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.94 
 
 
837 aa  89  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.12 
 
 
727 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.1 
 
 
785 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.12 
 
 
727 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.35 
 
 
1057 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.4 
 
 
942 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.55 
 
 
826 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 
720 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.14 
 
 
1059 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.87 
 
 
1415 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.57 
 
 
742 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0313  response regulator receiver protein  36.3 
 
 
203 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.34 
 
 
764 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.16 
 
 
732 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5422  histidine kinase  33.59 
 
 
685 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0504919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  39.29 
 
 
638 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
1011 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.54 
 
 
946 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  41.58 
 
 
632 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0508  histidine kinase  41.58 
 
 
632 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 
584 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.47 
 
 
1014 aa  82.8  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  35.29 
 
 
796 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3366  histidine kinase  33.59 
 
 
580 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  42.57 
 
 
587 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.79 
 
 
670 aa  79  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 
705 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  34.17 
 
 
793 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.57 
 
 
587 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4788  histidine kinase  35.65 
 
 
685 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  42.34 
 
 
1164 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.34 
 
 
1164 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.82 
 
 
585 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5580  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.81 
 
 
699 aa  78.2  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0190821  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  38.33 
 
 
534 aa  77.8  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
722 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  37.88 
 
 
280 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4039  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
1039 aa  77.4  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
927 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  35.94 
 
 
575 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2172  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 
658 aa  77.4  0.00000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1013 aa  77  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
888 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2204  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 
588 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0313534  normal  0.331001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3269  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
704 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.61 
 
 
812 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3167  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
758 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000450225  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
707 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
890 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 
951 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 
741 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 
1106 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  40.91 
 
 
1561 aa  74.7  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  39.66 
 
 
858 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  36.13 
 
 
539 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.01 
 
 
1036 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  33.06 
 
 
137 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  40.91 
 
 
684 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 
720 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
853 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  33.61 
 
 
541 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
733 aa  74.3  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 
810 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  33.61 
 
 
541 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5149  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
869 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416194 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2521  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
571 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0595753 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5394  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
558 aa  73.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0211479 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
684 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
686 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21073  normal  0.829403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0247  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
640 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0678153 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3992  response regulator receiver protein  46.08 
 
 
153 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.383415  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 
1176 aa  73.9  0.0000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4355  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
600 aa  73.9  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3110  response regulator receiver protein  34.96 
 
 
141 aa  73.6  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.568252  normal  0.771305 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
651 aa  73.6  0.0000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4593  response regulator receiver protein  35.48 
 
 
129 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
853 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.22 
 
 
925 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  37.5 
 
 
1005 aa  73.2  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>