More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1167 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  689    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 327 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 321 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 319 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 319 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 319 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  38.89 
 
 		 321 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  208  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 389 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 341 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 321 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  40.88 
 
 		 405 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  30.77 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 337 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 341 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 355 aa  126  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 392 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 330 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 329 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 329 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  30.16 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.63 
 
 		 338 aa  106  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 341 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 336 aa  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 339 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 322 aa  100  4e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 333 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  34.23 
 
 		 333 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 368 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 336 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  27.33 
 
 		 369 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 340 aa  97.1  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  26.85 
 
 		 329 aa  96.7  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 332 aa  95.9  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  49.5 
 
 		 340 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 330 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 327 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 340 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 352 aa  91.3  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 333 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 354 aa  90.1  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 330 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2306  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 395 aa  89.7  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 362 aa  89.4  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  44.34 
 
 		 329 aa  89.4  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  43.4 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  29.33 
 
 		 319 aa  87  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 350 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5364  transcriptional regulator, AraC family  42.61 
 
 		 339 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  35.59 
 
 		 332 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0760  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 327 aa  85.5  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  46.39 
 
 		 339 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5084  transcriptional regulator, AraC family  33.52 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0576152  normal  0.130155 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3631  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.89 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0928  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0048555 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  28.96 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1873  helix-turn-helix domain-containing protein  44.55 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3837  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  36.63 
 
 		 198 aa  81.6  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0577701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  37.68 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  30.86 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4352  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0118  helix-turn-helix domain-containing protein  46.23 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547466 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  26.87 
 
 		 326 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  29.57 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3194  helix-turn-helix domain-containing protein  38.83 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  37.74 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>