84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3278 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  565  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.14 
 
 		 276 aa  298  7e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3432  hypothetical protein  56.59 
 
 		 175 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0868  hypothetical protein  62.12 
 
 		 148 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1956  hypothetical protein  68.27 
 
 		 131 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.784413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1881  hypothetical protein  64.15 
 
 		 133 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.779874 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2466  hypothetical protein  64.49 
 
 		 192 aa  157  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0913  putative lipoprotein  63.21 
 
 		 141 aa  155  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.403622  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2534  hypothetical protein  60.91 
 
 		 153 aa  155  9e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0819  hypothetical protein  63.21 
 
 		 131 aa  153  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0840  putative lipoprotein  63.21 
 
 		 141 aa  153  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0901  hypothetical protein  63.21 
 
 		 141 aa  153  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.746833  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1125  hypothetical protein  63.21 
 
 		 162 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0743661  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3390  hypothetical protein  55.56 
 
 		 131 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.420538 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0592  hypothetical protein  57.55 
 
 		 131 aa  139  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2027  hypothetical protein  55.96 
 
 		 163 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000490439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1600  hypothetical protein  62.14 
 
 		 133 aa  133  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.039384  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.69 
 
 		 206 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.62 
 
 		 204 aa  97.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.33 
 
 		 217 aa  97.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.74 
 
 		 197 aa  92.4  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.82 
 
 		 205 aa  92.4  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.58 
 
 		 203 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.49 
 
 		 186 aa  89.7  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.57 
 
 		 185 aa  87  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.32 
 
 		 188 aa  85.5  9e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  37.4 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.48 
 
 		 192 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  44.71 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  42.53 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  41.56 
 
 		 211 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  41.56 
 
 		 209 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  41.1 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  39.78 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.47 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  27.87 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  41.27 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  41.07 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.67 
 
 		 237 aa  52.8  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  39.44 
 
 		 240 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  26.81 
 
 		 203 aa  50.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.11 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 204 aa  50.1  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  29.63 
 
 		 204 aa  50.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  29.41 
 
 		 207 aa  49.3  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 224 aa  48.9  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  31.82 
 
 		 201 aa  48.1  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  23.89 
 
 		 168 aa  47.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  23.37 
 
 		 193 aa  47.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  51.85 
 
 		 67 aa  46.6  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 177 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.68 
 
 		 205 aa  45.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  32.88 
 
 		 68 aa  45.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  45.61 
 
 		 67 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  34.72 
 
 		 66 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  34.92 
 
 		 67 aa  44.3  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 68 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  34.72 
 
 		 66 aa  43.9  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  31.76 
 
 		 790 aa  43.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 66 aa  43.1  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 		 66 aa  43.1  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  35.21 
 
 		 63 aa  43.5  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  31.76 
 
 		 790 aa  43.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  36.11 
 
 		 66 aa  43.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  40 
 
 		 69 aa  43.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2463  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.14 
 
 		 89 aa  42.7  0.006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.843644 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 418 aa  42.4  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.51 
 
 		 66 aa  42.4  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  24.75 
 
 		 197 aa  42.4  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 311 aa  42.4  0.008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  48.15 
 
 		 67 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.98 
 
 		 79 aa  42.4  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.801094 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  37.7 
 
 		 67 aa  42.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4535  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.21 
 
 		 68 aa  42.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  38.89 
 
 		 69 aa  42.4  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  38.1 
 
 		 70 aa  42  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.37 
 
 		 71 aa  42  0.01  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  38.89 
 
 		 69 aa  42  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  38.89 
 
 		 69 aa  42  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  31.76 
 
 		 792 aa  42  0.01  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  42.37 
 
 		 71 aa  42  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>