152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2141 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2141  hypothetical protein  100 
 
 		 277 aa  577  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0962248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2142  hypothetical protein  41.79 
 
 		 253 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.532898  normal  0.0656443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2144  hypothetical protein  40.62 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.389277  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0526  hypothetical protein  32.55 
 
 		 267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0755  hypothetical protein  32.65 
 
 		 249 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.684175  hitchhiker  0.00000180736 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4197  response regulator receiver protein  24.79 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4329  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4008  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1969  hypothetical protein  35.85 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894379  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4624  LuxR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 248 aa  62  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2091  hypothetical protein  32.52 
 
 		 245 aa  62  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0353766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1731  hypothetical protein  31.54 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000145681 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3578  LuxR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.920861  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3799  response regulator receiver protein  25 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0690  LuxR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6637  response regulator receiver protein  40 
 
 		 222 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2457  hypothetical protein  31.53 
 
 		 240 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.418113 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3996  hypothetical protein  46.3 
 
 		 185 aa  50.4  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4531  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 217 aa  50.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4222  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.04 
 
 		 309 aa  49.7  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.157864 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2270  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.87 
 
 		 242 aa  48.9  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000113212 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4915  LuxR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 231 aa  48.9  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1910  response regulator receiver protein  28.26 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238062  normal  0.36963 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02970  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  37.1 
 
 		 227 aa  48.5  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.611463  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2842  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.39 
 
 		 226 aa  47.8  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.622781  decreased coverage  0.00305681 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4871  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.31 
 
 		 222 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.134443  normal  0.31614 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2087  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 247 aa  47.4  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.73112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 229 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.96 
 
 		 225 aa  46.6  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0530  transcriptional regulator, LuxR family  31.91 
 
 		 217 aa  47  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  38.46 
 
 		 216 aa  47  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 216 aa  46.6  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 		 236 aa  47  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 207 aa  46.6  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8412  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.46 
 
 		 239 aa  46.6  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5878  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 		 441 aa  46.2  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.464013 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 882 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2037  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.33 
 
 		 225 aa  46.2  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.137578 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  35.62 
 
 		 217 aa  46.2  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.1 
 
 		 1021 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 239 aa  46.2  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 217 aa  46.2  0.0006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4889  LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 235 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.672367  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  31.75 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  31.75 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.75 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.75 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.75 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.75 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.75 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1873  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.82 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.145213  normal  0.385799 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0356  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.67 
 
 		 220 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.165726  normal  0.0985551 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 234 aa  45.4  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2232  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 302 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.501029  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5235  transcriptional regulator, LuxR family  33.87 
 
 		 134 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.183919  normal  0.452557 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0377  transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 134 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  30.56 
 
 		 241 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1473  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.569189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3279  response regulator receiver  36.07 
 
 		 221 aa  44.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2668  two component LuxR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 213 aa  44.3  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  30.56 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3511  two component LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 221 aa  44.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0480  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.49 
 
 		 214 aa  44.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 		 237 aa  44.3  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 		 237 aa  44.3  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1731  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.71 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.550315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.99 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0175  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  37.04 
 
 		 919 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38740  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  35.59 
 
 		 250 aa  43.9  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.65 
 
 		 239 aa  43.9  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  35.48 
 
 		 206 aa  43.9  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2391  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 239 aa  43.9  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0696687  hitchhiker  0.00128542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2116  LuxR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 249 aa  43.9  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0394214  normal  0.10898 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  28.99 
 
 		 506 aa  43.9  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3387  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.82 
 
 		 223 aa  43.9  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000386408  hitchhiker  0.000570848 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21850  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  29.03 
 
 		 222 aa  43.9  0.003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118113  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  30.65 
 
 		 236 aa  43.5  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8793  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 221 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.15 
 
 		 930 aa  43.5  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2953  transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 901 aa  43.5  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3727  two component LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 226 aa  43.5  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0080  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 212 aa  43.5  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5719  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 232 aa  43.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4260  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.92 
 
 		 217 aa  43.5  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  28.57 
 
 		 920 aa  43.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5304  response regulator receiver protein  28.74 
 
 		 220 aa  43.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1384  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 200 aa  43.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7843  two component transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 231 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.176081 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  37.1 
 
 		 248 aa  43.1  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 244 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.84 
 
 		 217 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08490  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  29.23 
 
 		 236 aa  43.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199706  normal  0.526513 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2088  transcriptional regulator, LuxR family  39.22 
 
 		 135 aa  43.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>