54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1860 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1530  porin  86.05 
 
 		 380 aa  674    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.232384  normal  0.862821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0275  porin  91.01 
 
 		 387 aa  704    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.450177  hitchhiker  0.0000113069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2728  porin  88.95 
 
 		 379 aa  699    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0767008  hitchhiker  0.0000304831 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1860  porin  100 
 
 		 380 aa  778    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0469133  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2561  porin  78.04 
 
 		 386 aa  624  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.23329  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2526  hypothetical protein  71.83 
 
 		 387 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0440119  normal  0.0252757 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1465  hypothetical protein  73.18 
 
 		 383 aa  596  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00157925  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2437  hypothetical protein  72.09 
 
 		 387 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0765297  normal  0.234648 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2365  hypothetical protein  71.83 
 
 		 387 aa  594  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000963211  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1788  porin  70.54 
 
 		 387 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0218483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1749  porin  70.03 
 
 		 387 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0474963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2535  porin  70.28 
 
 		 387 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00634878  hitchhiker  0.000395636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1745  porin  70.28 
 
 		 387 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00151108  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2083  hypothetical protein  73.22 
 
 		 382 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000452376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0519  hypothetical protein  46.65 
 
 		 388 aa  350  3e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00710  hypothetical protein  50.14 
 
 		 387 aa  340  2.9999999999999998e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2501  hypothetical protein  38.44 
 
 		 408 aa  229  5e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5280  hypothetical protein  37.81 
 
 		 390 aa  223  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03254  secreted protein of porin family  36.71 
 
 		 346 aa  216  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2624  hypothetical protein  34.23 
 
 		 470 aa  205  9e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.573828  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2599  hypothetical protein  34.75 
 
 		 418 aa  197  3e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.444399  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3973  putative secreted protein  33.69 
 
 		 475 aa  195  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.388131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3753  hypothetical protein  35.14 
 
 		 344 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.30057 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0904  hypothetical protein  35.55 
 
 		 356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.844767  hitchhiker  0.00000607436 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3418  hypothetical protein  34.65 
 
 		 351 aa  172  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2612  hypothetical protein  35.99 
 
 		 346 aa  170  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1401  hypothetical protein  35.14 
 
 		 348 aa  166  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00461856  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3138  hypothetical protein  34.7 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.363093 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4962  hypothetical protein  37.05 
 
 		 352 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.936284  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1263  hypothetical protein  33.68 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0322  hypothetical protein  31.98 
 
 		 362 aa  145  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0302  hypothetical protein  30.95 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0852461  normal  0.204946 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4187  hypothetical protein  31.47 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.429179 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1411  hypothetical protein  31.12 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2537  hypothetical protein  31.59 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.125269  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0273  hypothetical protein  30.62 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.74892  hitchhiker  0.000266668 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2395  porin  27.2 
 
 		 477 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  0.306848 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1730  hypothetical protein  29.02 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.143837 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0404  hypothetical protein  30.97 
 
 		 475 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.331514  normal  0.597244 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0287  hypothetical protein  28.65 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000514859  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1424  hypothetical protein  25.65 
 
 		 560 aa  106  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1239  hypothetical protein  29.32 
 
 		 343 aa  98.6  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.335743  normal  0.717707 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1166  hypothetical protein  30.03 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.875673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0104  hypothetical protein  27.03 
 
 		 351 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.901888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3321  hypothetical protein  26.69 
 
 		 347 aa  91.3  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0510  secreted porin family protein  26.88 
 
 		 400 aa  87  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.938246  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4728  hypothetical protein  29.75 
 
 		 464 aa  83.6  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.828062  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1605  hypothetical protein  26.5 
 
 		 433 aa  72  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3626  hypothetical protein  26.29 
 
 		 593 aa  57  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0838658  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3415  hypothetical protein  30.06 
 
 		 549 aa  53.1  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4828  hypothetical protein  25.7 
 
 		 420 aa  49.7  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0526  hypothetical protein  26.09 
 
 		 635 aa  48.9  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.710875 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1995  hypothetical protein  25.07 
 
 		 572 aa  48.5  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.290719  normal  0.0311795 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1077  hypothetical protein  27.67 
 
 		 551 aa  47.8  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.350555 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>