More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1351 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1351  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 		 374 aa  765    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.759267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1445  ribokinase-like domain-containing protein  84.02 
 
 		 363 aa  640    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2951  ribokinase-like domain-containing protein  85.4 
 
 		 363 aa  649    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2725  ribokinase-like domain-containing protein  80.72 
 
 		 363 aa  598  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788266 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1913  PfkB domain protein  42.66 
 
 		 363 aa  300  2e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2307  hypothetical protein  43.87 
 
 		 362 aa  292  6e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.945779  hitchhiker  0.00150581 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02089  predicted kinase  43.3 
 
 		 362 aa  292  7e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.114091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2296  hypothetical protein  43.3 
 
 		 362 aa  292  7e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0806  hypothetical protein  43.3 
 
 		 362 aa  292  7e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02048  hypothetical protein  43.3 
 
 		 362 aa  292  7e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0826049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1488  hypothetical protein  43.3 
 
 		 362 aa  292  7e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000467798  hitchhiker  0.00751025 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1498  PfkB domain protein  43.3 
 
 		 362 aa  291  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282324  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3296  hypothetical protein  43.59 
 
 		 362 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.170772  normal  0.250376 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0139  transcriptional regulator, MarR family  42.06 
 
 		 360 aa  284  2.0000000000000002e-75  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0258  ribokinase-like domain-containing protein  37.67 
 
 		 380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3302  hypothetical protein  43.73 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  0.0377447 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2313  hypothetical protein  43.41 
 
 		 313 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0218939  decreased coverage  0.000211753 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02095  predicted kinase  43.41 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.308891  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1482  hypothetical protein  43.41 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0391896  hitchhiker  0.00000306075 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2463  hypothetical protein  43.41 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02054  hypothetical protein  43.41 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.272027  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2303  hypothetical protein  43.41 
 
 		 313 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0379956  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1492  PfkB domain protein  43.41 
 
 		 313 aa  264  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.104134  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4622  ribokinase-like domain-containing protein  36.06 
 
 		 369 aa  219  5e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0428968  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0555  PfkB domain protein  38.13 
 
 		 306 aa  219  8.999999999999998e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1032  ribokinase-like domain-containing protein  37.7 
 
 		 318 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000268353  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1733  PfkB family kinase  38.26 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000174723  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1461  kinase yeiC, putative  37.92 
 
 		 321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0117652  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0358  PfkB  38.01 
 
 		 377 aa  209  5e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.660775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0317  kinase, PfkB family  35.85 
 
 		 382 aa  209  6e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.196123 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3467  ribokinase-like domain-containing protein  33.22 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0663  PfkB domain protein  32.09 
 
 		 315 aa  172  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0301  ribokinase-like domain-containing protein  30.9 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0294  ribokinase-like domain-containing protein  30.9 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3222  ribokinase-like domain-containing protein  30.48 
 
 		 314 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.830633  normal  0.0230782 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3923  ribokinase-like domain-containing protein  30.14 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2164  PfkB domain protein  32.65 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0899  ribokinase-like domain-containing protein  28.71 
 
 		 307 aa  133  6e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1959  PfkB domain protein  29.04 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.13744 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2170  PfkB domain protein  29.7 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.68008  normal  0.0885177 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1264  hypothetical protein  26.04 
 
 		 321 aa  105  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17480  sugar kinase, ribokinase  25.8 
 
 		 304 aa  99.8  7e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.402042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  25.08 
 
 		 309 aa  95.1  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  29.82 
 
 		 307 aa  95.1  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  24.03 
 
 		 302 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  27.95 
 
 		 305 aa  94  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  25.61 
 
 		 308 aa  93.6  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1338  PfkB  29.66 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  24.91 
 
 		 304 aa  90.5  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  25.82 
 
 		 297 aa  90.5  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  24.81 
 
 		 307 aa  90.1  6e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  27.17 
 
 		 305 aa  89.7  8e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  25.86 
 
 		 299 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  25.59 
 
 		 308 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  25.59 
 
 		 308 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  25.37 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  25.52 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  26.74 
 
 		 302 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  26.33 
 
 		 305 aa  85.9  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2559  carbohydrate kinase  29.69 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.270626  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  25.68 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1264  PfkB  26.26 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  28.09 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  27.53 
 
 		 404 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  26.22 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  25.41 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  27.18 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  27.52 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  24.01 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  27.18 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  27.18 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  27.18 
 
 		 315 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  27.18 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  27.18 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  28.47 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7448  cyclic nucleotide-binding protein  26.25 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  24.23 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  27 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2057  PfkB family kinase  26.03 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124987  normal  0.010035 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  25.84 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  25.84 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  25.84 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  25.84 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  23.51 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  25.33 
 
 		 309 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  24.34 
 
 		 316 aa  79.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  27.65 
 
 		 302 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  25.84 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  24.83 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3217  PfkB domain protein  26.48 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  28.42 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1547  putative carbohydrate kinase  27.72 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.23954 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  27.84 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2588  PfkB domain-containing protein  26.64 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.02383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  24.3 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1434  ribokinase-like domain-containing protein  29.21 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00349214 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  26.26 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  25.17 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  23.67 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1495  putative regulatory protein  26.48 
 
 		 408 aa  76.6  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.943692  hitchhiker  0.0000000000000150767 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>