241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0526 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0526  hypothetical protein  100 
 
 		 267 aa  555  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2141  hypothetical protein  32.55 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0962248 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2142  hypothetical protein  30.85 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.532898  normal  0.0656443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2144  hypothetical protein  29.37 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.389277  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0755  hypothetical protein  31.84 
 
 		 249 aa  97.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.684175  hitchhiker  0.00000180736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0690  LuxR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4008  LuxR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 248 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2091  hypothetical protein  33.64 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0353766  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4624  LuxR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3578  LuxR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.920861  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1731  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.37 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.550315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1731  hypothetical protein  25 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000145681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3799  response regulator receiver protein  22.39 
 
 		 248 aa  58.5  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4197  response regulator receiver protein  26.11 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2457  hypothetical protein  28.21 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.418113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3390  two component LuxR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4329  LuxR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4662  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 221 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.142047  hitchhiker  0.00679998 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6637  response regulator receiver protein  41.94 
 
 		 222 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0645  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 220 aa  53.9  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0366  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 220 aa  53.5  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0587069  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3387  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 223 aa  52.4  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000386408  hitchhiker  0.000570848 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6284  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 217 aa  52.4  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 		 228 aa  52.4  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0415698  normal  0.590713 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7346  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0451998 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 242 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0606  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 212 aa  51.6  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4946  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.13115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  30.19 
 
 		 240 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1969  hypothetical protein  39.29 
 
 		 233 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3996  hypothetical protein  46.3 
 
 		 185 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.41061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1523  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 215 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.894169  normal  0.0152488 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 225 aa  51.2  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 207 aa  51.2  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6049  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.58 
 
 		 224 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.764436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4684  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 223 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0102  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 		 221 aa  50.8  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0637251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  42.65 
 
 		 207 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2015  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 232 aa  50.4  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.706703  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2087  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 247 aa  50.4  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.73112  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0278  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 225 aa  50.4  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000789071 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5878  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 441 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.464013 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1951  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0924411 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0795  transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 983 aa  49.7  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3118  transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 391 aa  49.7  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  31.19 
 
 		 225 aa  49.7  0.00005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00120804  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36930  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  46.3 
 
 		 222 aa  49.7  0.00006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.811978 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3727  two component LuxR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 226 aa  49.7  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  31.62 
 
 		 242 aa  49.3  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0513  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 209 aa  49.3  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.52986  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1706  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 827 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2941  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.17 
 
 		 219 aa  48.5  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.911135  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 237 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19850  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 827 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.326832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 237 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4263  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 230 aa  48.5  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1740  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 237 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5644  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.18 
 
 		 225 aa  48.5  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01320  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  35.63 
 
 		 261 aa  47.4  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0767  LuxR response regulator receiver  40 
 
 		 221 aa  48.1  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.88397  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 246 aa  48.1  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8412  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 239 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3244  response regulator receiver protein  38.18 
 
 		 218 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000568428  normal  0.332742 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 993 aa  48.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.51 
 
 		 254 aa  47  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 236 aa  47  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8793  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 221 aa  47  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  29.71 
 
 		 237 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3402  response regulator receiver protein  23.91 
 
 		 238 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.511462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0385  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.36 
 
 		 224 aa  47.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26840  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  40 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.274056  normal  0.228776 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  25.4 
 
 		 237 aa  46.6  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  25.4 
 
 		 237 aa  46.6  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1370  LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 881 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29940  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 234 aa  46.6  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.683883 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1388  LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 881 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1404  LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 876 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5224  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 74 aa  46.6  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20460  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  36.36 
 
 		 229 aa  46.2  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0212792  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 992 aa  46.2  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5265  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 218 aa  46.6  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2391  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 239 aa  46.2  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0696687  hitchhiker  0.00128542 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4857  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.06 
 
 		 234 aa  46.2  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.243741 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 231 aa  46.2  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2116  LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 249 aa  46.2  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0394214  normal  0.10898 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4937  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 224 aa  46.2  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.570807  normal  0.210467 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4511  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.58 
 
 		 226 aa  46.2  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11054  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3287  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.18 
 
 		 233 aa  46.2  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0842926  normal  0.330639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 243 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0683  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.46 
 
 		 234 aa  46.2  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.344925  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1972  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.62 
 
 		 217 aa  46.2  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000794288  unclonable  0.0000000332591 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 242 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 218 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2037  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.94 
 
 		 225 aa  45.8  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.137578 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0951  LuxR family two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 221 aa  45.8  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.392411  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0139  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  27.42 
 
 		 506 aa  45.8  0.0007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5839  two component LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 198 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.242407  hitchhiker  0.00194364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 243 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 1137 aa  45.4  0.0008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>