More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_5860 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_5860  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
144 aa  293  4e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.344345 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3947  cold-shock protein, DNA-binding  61.36 
 
 
128 aa  164  4e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.986356  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4338  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.36 
 
 
128 aa  163  8e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  59.85 
 
 
128 aa  157  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0146  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.3 
 
 
132 aa  156  7e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475602 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4475  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.7 
 
 
147 aa  151  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.534449  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4426  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.33 
 
 
131 aa  148  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.285968 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5045  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.55 
 
 
136 aa  147  3e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  52.9 
 
 
138 aa  147  3e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4562  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.94 
 
 
136 aa  146  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0340056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4858  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.94 
 
 
136 aa  146  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.705438  normal  0.0994336 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1236  Cold-shock protein DNA-binding protein  50.35 
 
 
155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.111681  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1707  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.21 
 
 
136 aa  144  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  49.24 
 
 
129 aa  143  7.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  51.11 
 
 
131 aa  142  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  54.55 
 
 
131 aa  140  6e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0234  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.27 
 
 
127 aa  137  4.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.62 
 
 
132 aa  135  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  46.76 
 
 
139 aa  134  4e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0104  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.03 
 
 
129 aa  134  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0818  cold-shock DNA-binding domain protein  50.38 
 
 
135 aa  131  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3294  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.37 
 
 
131 aa  124  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977708  normal  0.173304 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4185  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
127 aa  122  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.942545  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8097  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
131 aa  122  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3580  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
152 aa  121  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0321058  normal  0.113438 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0746  cold-shock DNA-binding domain protein  49.62 
 
 
127 aa  120  6e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0633058  hitchhiker  0.00940381 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  44.7 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3932  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.7 
 
 
131 aa  119  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.558986  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  45.86 
 
 
127 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26200  cold-shock DNA-binding protein family  41.67 
 
 
128 aa  116  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.109676  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0848  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
127 aa  116  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  decreased coverage  0.00674689 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  45.11 
 
 
127 aa  114  6e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0790  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.18 
 
 
127 aa  113  8.999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0908  cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 
127 aa  112  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.547384 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  44.7 
 
 
127 aa  111  4.0000000000000004e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.716085 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  43.94 
 
 
129 aa  106  8.000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04160  cold-shock DNA-binding protein family  41.67 
 
 
127 aa  99.8  1e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0300603  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0722  cold-shock DNA-binding domain protein  37.88 
 
 
129 aa  90.9  6e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.155583 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1263  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.84 
 
 
65 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  51.56 
 
 
281 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
279 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
268 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  54.84 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  54.84 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  54.84 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  54.84 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  54.84 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.84 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  54.84 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  54.84 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
259 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  48.53 
 
 
418 aa  68.2  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
242 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  49.21 
 
 
70 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  52.31 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  48.65 
 
 
310 aa  67.4  0.00000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
217 aa  67.4  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  47.62 
 
 
70 aa  67  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  53.23 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  53.23 
 
 
67 aa  67  0.00000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.23 
 
 
65 aa  67  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  50.77 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.65 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  43.94 
 
 
70 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1446  cold-shock family protein  50 
 
 
105 aa  65.5  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.215876  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  46.03 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  50 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  43.08 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
65 aa  65.1  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  46.88 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
68 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.39 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.59949  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1911  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.79 
 
 
70 aa  64.7  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000206161  normal  0.143594 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  46.03 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  45.16 
 
 
70 aa  64.3  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1817  cold-shock DNA-binding domain protein  52.46 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.54 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  43.33 
 
 
311 aa  63.9  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3513  cold-shock DNA-binding domain protein  52.63 
 
 
70 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>