More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6204 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6204  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  654    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  38.96 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 432 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.45 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 318 aa  152  8e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 301 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.7 
 
 		 327 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.44 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 345 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 310 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 330 aa  146  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 322 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  30.38 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 318 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 323 aa  143  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  34.87 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.56 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  34.54 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.76 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.17 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.08 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 298 aa  137  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  31.56 
 
 		 302 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  31.25 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2325  hypothetical protein  30.17 
 
 		 312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  32.27 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 331 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 305 aa  129  9.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.43 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.38 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>