More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5902 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  618  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  49.01 
 
 		 318 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.03 
 
 		 300 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 300 aa  252  7e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 300 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5583  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1029  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.850278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 332 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 338 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 338 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0092  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0215492  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2479  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0345  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1974  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0644  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0772357  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.33 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.36 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 406 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  29.93 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1919  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.83 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 417 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.89 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 303 aa  105  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 415 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.03 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 310 aa  105  9e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3176  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.356855  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2069  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.18458  hitchhiker  0.00114846 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2915  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 335 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0114903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.03 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 309 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  102  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4979  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 397 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  33.84 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 292 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.77 
 
 		 296 aa  99.4  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 316 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>