More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5074 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5074  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  587  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 294 aa  86.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2785  transcriptional regulator, LysR family  23.26 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1380  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 349 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0410906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1617  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0228191  normal  0.551931 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0541  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.693212  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3400  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 350 aa  72.4  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1658  transcriptional regulator Cbl  31.33 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000765107  normal  0.0208007 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4176  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.661797 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  24.42 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.59 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0475  transcriptional regulator, LysR family  23.69 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  28.93 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.17 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  26.8 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  24.41 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  23.39 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.59 
 
 		 302 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2831  transcriptional regulator Cbl  30.92 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000101541  normal  0.682702 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  25.29 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  26.2 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3040  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.34 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  67  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 293 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 292 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>