More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3964 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0348412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0294  transcriptional regulator, LacI family  40.24 
 
 		 340 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.79 
 
 		 340 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5997  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 		 336 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.361062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3751  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.52 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  41.28 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  39.57 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0185  alanine racemase  37.58 
 
 		 349 aa  209  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3114  LacI family transcription regulator  40.21 
 
 		 350 aa  209  6e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0116195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6065  transcriptional regulator, LacI family  39.47 
 
 		 335 aa  205  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3706  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.6 
 
 		 359 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261904  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  38.02 
 
 		 340 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0183  transcriptional regulator, LacI family  41.18 
 
 		 334 aa  202  7e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 340 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 340 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 		 340 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  38.17 
 
 		 344 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  34.09 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 342 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  32.72 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  31.63 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 347 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  29.94 
 
 		 336 aa  162  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  34.35 
 
 		 334 aa  155  7e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  33.43 
 
 		 332 aa  152  8.999999999999999e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  29.34 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  32.01 
 
 		 339 aa  143  5e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  32.9 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3245  transcriptional regulator, LacI family  32.26 
 
 		 328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  31.44 
 
 		 344 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  28.13 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  31.93 
 
 		 324 aa  136  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  32.03 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  30.4 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  26.55 
 
 		 346 aa  130  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.67 
 
 		 351 aa  129  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  27.42 
 
 		 333 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.42 
 
 		 333 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  31.05 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 350 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  29.81 
 
 		 337 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 334 aa  126  6e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 337 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3781  transcriptional regulator, LacI family  28.12 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.477284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04030  transcriptional regulator  32.93 
 
 		 351 aa  120  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  28.99 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 361 aa  119  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 336 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3632  transcriptional regulator, LacI family  26.58 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.81 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.87 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  31.52 
 
 		 346 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  30.51 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4618  regulatory protein LacI  28.7 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.784708  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  29.04 
 
 		 336 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 332 aa  116  6e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  29.49 
 
 		 337 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000600  sucrose operon repressor ScrR LacI family  26.54 
 
 		 328 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0144892  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  29.64 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  28.05 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 337 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  26.97 
 
 		 334 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  28.61 
 
 		 331 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3197  LacI family transcription regulator  30.69 
 
 		 343 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  28.95 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  25.9 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.18 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0663  transcriptional regulator, LacI family  32.78 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.334332 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0598  putative sucrose operon repressor ScrR  28.33 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00468324  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  26.26 
 
 		 347 aa  110  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  28.47 
 
 		 326 aa  109  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 359 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  25.45 
 
 		 336 aa  109  8.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 		 340 aa  108  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  27.99 
 
 		 351 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.11 
 
 		 342 aa  108  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  29.34 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2407  LacI family transcription regulator  30.15 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  27.22 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2402  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  26.67 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  27.22 
 
 		 358 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  27.11 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  29.27 
 
 		 344 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2850  LacI family transcription regulator  26.49 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.156092 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.81 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  31.92 
 
 		 339 aa  105  8e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  29.36 
 
 		 343 aa  105  9e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  28.48 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  28.48 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  27.79 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  25.69 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  31.71 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>