More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2198 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  66.1 
 
 		 821 aa  1110    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 815 aa  1691    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  84.56 
 
 		 816 aa  1472    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  36.89 
 
 		 879 aa  558  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  37.57 
 
 		 831 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  37.29 
 
 		 831 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  37.62 
 
 		 831 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  36.59 
 
 		 837 aa  521  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  35.63 
 
 		 805 aa  521  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  36.64 
 
 		 804 aa  510  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  35.49 
 
 		 806 aa  506  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  34.72 
 
 		 806 aa  498  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  37.15 
 
 		 831 aa  496  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  35.74 
 
 		 806 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  35.9 
 
 		 802 aa  490  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  35.38 
 
 		 835 aa  491  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  37.04 
 
 		 830 aa  489  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  34.34 
 
 		 816 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  34.75 
 
 		 816 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  35.97 
 
 		 825 aa  458  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  35.46 
 
 		 843 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  33.53 
 
 		 815 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  32.57 
 
 		 812 aa  432  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  33.13 
 
 		 817 aa  435  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 		 815 aa  435  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  34.01 
 
 		 797 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  34.01 
 
 		 827 aa  421  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  32.97 
 
 		 801 aa  418  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  32.63 
 
 		 831 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  32.36 
 
 		 831 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  33.57 
 
 		 822 aa  402  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  30.89 
 
 		 799 aa  394  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  32.08 
 
 		 815 aa  390  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  31.42 
 
 		 823 aa  390  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  30.77 
 
 		 819 aa  382  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  31.49 
 
 		 827 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  30.48 
 
 		 826 aa  370  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  31.65 
 
 		 812 aa  341  2.9999999999999998e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  29.64 
 
 		 854 aa  330  8e-89  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.21 
 
 		 830 aa  324  4e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  30.06 
 
 		 835 aa  322  9.999999999999999e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  29.74 
 
 		 835 aa  318  3e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.43 
 
 		 821 aa  302  2e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.18 
 
 		 857 aa  299  2e-79  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  27.44 
 
 		 808 aa  298  2e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.28 
 
 		 850 aa  294  5e-78  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.64 
 
 		 838 aa  292  2e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  29.29 
 
 		 840 aa  284  4.0000000000000003e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 		 830 aa  282  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  27.68 
 
 		 819 aa  279  2e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  28.2 
 
 		 830 aa  277  7e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  28.2 
 
 		 830 aa  277  7e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  27.37 
 
 		 816 aa  270  1e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  28.18 
 
 		 853 aa  252  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  28.93 
 
 		 853 aa  251  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  28.91 
 
 		 853 aa  250  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  29.04 
 
 		 853 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  27.89 
 
 		 948 aa  229  1e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2281  FAD dependent oxidoreductase  31.56 
 
 		 385 aa  167  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.405661  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5005  hypothetical protein  57.14 
 
 		 231 aa  163  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.667928  normal  0.181492 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  29.75 
 
 		 442 aa  162  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  29.75 
 
 		 440 aa  161  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04340  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  32.23 
 
 		 386 aa  157  6e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.704442 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1756  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.93 
 
 		 362 aa  146  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.971274  normal  0.141351 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  30.05 
 
 		 385 aa  145  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.58 
 
 		 364 aa  144  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5916  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.68 
 
 		 988 aa  144  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.564133 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3808  FAD dependent oxidoreductase  29.04 
 
 		 385 aa  143  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.876353 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1073  FAD dependent oxidoreductase  29.11 
 
 		 385 aa  141  4.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2308  FAD dependent oxidoreductase  27.63 
 
 		 395 aa  138  5e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  28.07 
 
 		 365 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  26.3 
 
 		 357 aa  137  7.000000000000001e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.83 
 
 		 368 aa  137  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  29.11 
 
 		 965 aa  137  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  31 
 
 		 375 aa  137  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4305  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.86 
 
 		 366 aa  134  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.86 
 
 		 366 aa  134  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3981  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.86 
 
 		 366 aa  134  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  26.14 
 
 		 390 aa  134  9e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0901  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.56 
 
 		 366 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.281219  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4131  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.56 
 
 		 366 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3971  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.56 
 
 		 366 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.56 
 
 		 366 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.268637  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1804  glycine cleavage system T protein  27.6 
 
 		 375 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.280258  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4247  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.56 
 
 		 366 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.31 
 
 		 364 aa  132  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4339  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.56 
 
 		 366 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.485786  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.85 
 
 		 360 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.97 
 
 		 366 aa  132  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  27.56 
 
 		 371 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1628  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.2 
 
 		 363 aa  130  7.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1595  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.2 
 
 		 363 aa  130  7.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0825414  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3738  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  28.99 
 
 		 995 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.161816  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  27.98 
 
 		 995 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4033  sarcosine oxidase, alpha subunit family  29.16 
 
 		 995 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.319981  normal  0.145852 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3993  sarcosine oxidase, alpha subunit family  28.78 
 
 		 995 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3548  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.75 
 
 		 374 aa  128  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.033061 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4416  glycine cleavage system T protein  25.4 
 
 		 364 aa  128  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0271  FAD dependent oxidoreductase  25.56 
 
 		 373 aa  128  5e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  28.88 
 
 		 366 aa  127  7e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>